所得税額控除の簡便法と個別法の併用を徹底解説

所得税額控除の簡便法・個別法・併用を徹底解説

簡便法を毎期ずっと使い続けなければならないと思い込んでいると、個別法に切り替えることで数千円以上多く控除できるチャンスを毎年見逃しているかもしれません。

所得税額控除とは何か：法人が直面する二重課税の仕組み

法人が銀行の預金利子、株式の配当金、投資信託の分配金などを受け取るとき、支払いの時点ですでに源泉所得税が差し引かれています。税率は一律20.315％（所得税・復興特別所得税15.315％＋地方税5.0％）です。

ここで問題が生じます。受け取った利子や配当は「営業外収益」として会社の所得に算入されるため、その所得に対してさらに法人税が課税されます。つまり、同じ収入に対して「源泉所得税」と「法人税」が二重にかかってしまうわけです。

これは明らかな二重課税です。

そこで法人税法第68条が設けられました。受け取った利子・配当等に課された源泉所得税等の額を、法人税の計算上で控除できるという制度です。

これが「所得税額控除」です。

重要な点が一つあります。この所得税額控除を受けた場合、控除の対象となった源泉所得税等の額は損金に算入できません。逆に言えば、控除を受けないことを選んだ場合は損金算入が可能となります（法人税法第40条）。どちらが有利かは状況次第なので、単純に「必ず申請すべき」とも言い切れない側面があります。

手続きとしては、確定申告書に別表6(1)「所得税額の控除に関する明細書」を添付する必要があります。この明細書を添付しないと、控除を受けることができません。別表6(1)の記載を忘れると、支払った源泉所得税がそのまま控除されない状態となり、純粋な損失になってしまいます。

別表6(1)の添付は必須です。

国税庁「No.5760 所得税額控除」：所得税額控除の基本的な仕組み・計算方法・手続きについての公式解説

所得税額控除の対象となる収入の種類と按分計算の要否

所得税額控除の対象となる収入のすべてが「按分計算」を必要とするわけではありません。

按分が必要な場合と不要な場合があります。

ここを混同している担当者は少なくありません。

按分計算が不要なもの（全額控除できるもの） としては、預貯金の利子・公社債の利子・合同運用信託の収益・公社債投資信託の収益などが該当します。預金の利子は計算期間に応じた按分の概念がないため、受け取った所得税等の全額がそのまま法人税から控除できます。

一方、按分計算が必要なもの として代表的なのは次の通りです。

- 法人から受け取る剰余金の配当・利益の配当（株式配当）
- 集団投資信託（株式投資信託など）の収益の分配
- 国外投資信託・国外株式等の配当等
- 特定の割引債の償還差益

この按分が必要な理由は、元本（株式）の保有期間にあります。例えば4月1日から3月31日が配当の計算期間である銘柄を10月1日に購入した場合、実際に保有していたのは6ヶ月です。12ヶ月分の配当に課された源泉所得税のうち、保有していた6ヶ月分に相当する金額しか控除できないというのが法律の考え方です。

これが基本原則です。期中に株式の売買がなければ全期間保有として全額控除できますが、期中に取得・売却がある場合は計算が複雑になります。その按分計算の方法として「個別法」と「簡便法」の2つが用意されています。

所得税額控除の個別法：計算方法と銘柄ごとの精密な按分

個別法は、元本の銘柄ごと・所有期間の月数ごとに厳密に計算する方法です（法人税法施行令第140条の2第2項）。

計算式は次のとおりです。

計算要素	内容
控除対象所得税等の額	配当に係る所得税等の額 × (所有期間の月数 ÷ 配当計算期間の月数)
所有期間の月数	配当計算期間内に元本を所有していた期間の月数（1ヶ月未満は1ヶ月に切り上げ）
配当計算期間	前回の配当基準日翌日から今回の配当基準日まで

具体的な例で考えます。配当計算期間が1月1日～12月31日（12ヶ月）の銘柄Aについて、源泉所得税が18,000円発生したとします。期首に6,000株保有していて、5月10日に3,000株を新たに取得し、期末保有数は9,000株でした。この場合の個別法による計算は次のようになります。

- 期首から保有の6,000株：18,000円 × (6,000株 ÷ 9,000株) × (12ヶ月 ÷ 12ヶ月) ＝ 12,000円
- 5月10日取得の3,000株：18,000円 × (3,000株 ÷ 9,000株) × (8ヶ月 ÷ 12ヶ月) ＝ 4,000円
- 合計：16,000円

月数の計算に際し、1ヶ月未満の端数は1ヶ月に切り上げる点が重要です。また、配当計算期間は法人（投資先会社）の配当基準日を元に判断するものであり、自社の事業年度とは無関係であることにも注意が必要です。この点を混同している担当者が多く、計算期間を誤ると控除額全体がずれてしまいます。

個別法の強みは実態に即した精密な計算ができる点です。早い時期に取得した株式が多い場合は、個別法の方が簡便法より大きな控除額を計算できるケースがあります。

実務家のための法人税塾「所得税額控除額の計算方法」：個別法・簡便法それぞれの計算式・ケース別の具体的な数値例を詳しく解説

所得税額控除の簡便法（銘柄別簡便法）：計算式と期央取得の仮定

簡便法（正式には「銘柄別簡便法」）は、個別法よりも計算が簡略化された方法です（法人税法施行令第140条の2第3項）。元本を「株式および出資」と「集団投資信託の受益権」に区分し、さらに配当等の計算期間が1年以下のものと1年を超えるものに分けて計算します。

■ 計算期間が1年以下の場合の簡便法の計算式：

$$控除所得税額 = 源泉所得税額 \times \frac{A + (B - A) \times \frac{1}{2}}{B}$$

■ 計算期間が1年を超える場合の簡便法の計算式：

$$控除所得税額 = 源泉所得税額 \times \frac{A + (B - A) \times \frac{1}{12}}{B}$$

ここで、Aは計算期間の開始時に所有していた元本の数、Bは計算期間の終了時に所有していた元本の数です。

先ほどと同じ例（源泉所得税18,000円、期首6,000株、期末9,000株）で計算すると、計算期間1年以下なので。

$$18,000円 \times \frac{6,000 + (9,000 - 6,000) \times \frac{1}{2}}{9,000} = 18,000円 \times \frac{7,500}{9,000} = 15,000円$$

先ほどの個別法（16,000円）と比べると簡便法は15,000円となり、このケースでは個別法の方が有利です。

簡便法の仕組みのポイントは「期央取得の仮定」にあります。期中に増加した元本は、実際の取得日に関係なく、すべて計算期間の「中間時点（期央）」に取得したものと仮定して計算します。

これが個別法との本質的な違いです。

また、元本が期中に減少した場合（B≦Aの場合）は、算式中の按分係数が自動的に1.0となり、全額控除となります。

これは個別法と同じ結果です。

個別法と簡便法の有利不利の判断：どちらが得になるケース

「簡便法の方が計算が楽だから常に簡便法を使えばいい」と考えている担当者が実際には非常に多いです。しかし有利不利の判断は状況によって異なり、個別法が明らかに有利なケースも存在します。

🔵 個別法が有利になりやすいケース：
- 期初（計算期間開始直後）に多くの株式を取得した場合
- 計算期間の前半に集中的に取得していた場合
- 中間配当がある場合で、その計算期間の早い段階に取得した場合

🔴 簡便法が有利になりやすいケース：
- 期末に向けて株式取得量が増えた場合（期末近くに大量取得）
- 株式数の増加が計算期間の後半に集中している場合

実際の数値比較として、ある事例では個別法で14,162円、簡便法で13,000円という差が生じたケースも報告されています。差額は1,162円ですが、保有銘柄が多い法人では全銘柄合計の差額が数万円規模になることもあります。

実務上の判断手順としては、「まず簡便法で計算 → 次に個別法でも計算 → 金額が大きい方を選択」というシミュレーションを行うのが基本です。

なお、継続適用は要件とされていません。

これが見落とされやすい重要な点です。

毎事業年度に改めてどちらが有利かを計算して選択できます。前期が簡便法だったからといって今期も簡便法を使い続ける必要はまったくありません。

個別法と簡便法の「併用禁止ルール」：種類単位の統一義務

ここは実務で最も誤解されやすいポイントです。「個別法と簡便法を組み合わせる（併用する）」ことはできるのか、という疑問です。

結論から言えば、銘柄をまたいでの併用はNGです。ただし、元本の「種類（区分）」が異なれば別々の方法を選択できます。

法人税法施行令第140条の2第3項の規定では、利子配当等の元本を以下の2種類に区分し、区分ごとに統一して適用することが義務付けられています。

| 区分 | 内容 |
|------|------|
| ① 株式および出資 | 上場株式・非上場株式・出資など |
| ② 集団投資信託の受益権 | 株式投資信託の受益権など（公社債投資信託等は除く） |

つまり、「A株は個別法、B株は簡便法」という選択はできません。

しかし、「①株式および出資は個別法、②集団投資信託の受益権は簡便法」という選択は可能です。

これが実質的な「併用」の意味です。

📌 実務上の注意点：
- 株式・出資で個別法を選択したなら、保有するすべての株式について個別法を適用しなければならない
- 一部の銘柄だけ個別法・一部だけ簡便法という混在は不可
- 受益権については株式とは独立した選択ができる

この制約を知らずに申告書を作成してしまうと、税務調査で計算の誤りを指摘される可能性があります。

「種類単位での統一」が原則です。

国税庁「9 所得税額の控除」：銘柄別簡便法の適用に関する通達と単体申告・連結申告の取り扱いの違いについての公式解説

簡便法が有利でも個別法を選ぶべき「グループ通算・連結納税」の特殊ルール

これはあまり知られていない重要な論点です。グループ通算制度（旧：連結納税制度）を採用している法人グループでは、個別法・簡便法の選択に関して追加のルールが適用されます。

まず、グループ内で按分方法を統一する必要があります。個社単体では個別法の方が有利な計算結果になる場合でも、グループ全体で計算した場合に簡便法が有利であれば、グループ全体として簡便法を選択することになります。この選択は親会社（通算親法人）が判断し、子会社はその通知に従って処理します。

また、グループ内での株式譲渡は所有期間の通算が可能という特例があります。同一連結グループ内でA社からB社へ株式が譲渡された場合、外部への売却ではないため、所有期間はグループ全体で継続していたものとして扱われます。この結果として、グループ内の期中売買については全額控除が可能となるケースがあります。

単体申告の法人であればシンプルに自社で判断して選択できますが、グループ通算を採用している場合は親会社との調整が必要です。子会社の担当者が独断で計算方法を決めてしまい、あとから親会社の選択と食い違いが発覚する、というトラブルは実際に起きています。

杉山税理士事務所「所得税額控除の計算の留意点」：グループ通算における原則法・簡便法の統一選択と期中売買の特例について

別表6(1)への記載方法：個別法・簡便法それぞれの記入欄の違い

所得税額控除を適用するためには、確定申告書に別表6(1)「所得税額の控除に関する明細書」を添付することが必須です。この書類への記載方法は、個別法と簡便法で使用する欄が異なります。

個別法を選択した場合は、別表6(1)の「個別法による場合」の欄に記入します。銘柄ごと、所有期間ごとに計算した控除額を記載します。

簡便法（銘柄別簡便法）を選択した場合は、「銘柄別簡便法による場合」の欄に記入します。期首・期末の元本数、計算期間区分を記載して控除額を算出します。

記載の際の重要な注意点は以下のとおりです。

- 株式と受益権を明確に区分して記載する（混在不可）
- 計算期間が1年以下のものと1年を超えるものは別行で記載
- 控除所得税額が法人税額を超える場合は超過部分が還付対象になる（申告書本体への転記が必要）
- 復興特別所得税（0.21%相当）も含めた金額で記載する

なお、別表6(1)に記載した控除所得税額は、別表4「所得の金額の計算に関する明細書」において一旦加算処理を行い、その後別表1の税額計算で差し引く、という流れになります。この一連の転記を誤ると最終的な法人税額が変わってしまうため、申告書全体の整合性確認が欠かせません。

国税庁「別表六(一)記載要領」：別表6(1)への記載方法・個別法欄と銘柄別簡便法欄の使い分けについての公式記載要領PDF

期中売却・株式分割があった場合の所得税額控除の計算上の取り扱い

株式を期中に全部売却した場合や、株式分割があった場合には、計算方法に追加の考慮が必要です。

見落としがちなポイントです。

📌 期中に株式を全部売却した場合

配当の基準日に株式を保有していなければ、そもそも配当金は受け取れません。したがって、期中に全部売却した場合は配当自体が発生しないため、この回の配当に関する所得税額控除の計算は生じません。

📌 期中に一部売却した場合（個別法）

個別法では期末保有株数を基準に按分するため、期中に売却した株式分は計算に含まれません。

基準日保有株数が分母となります。

📌 株式分割があった場合（簡便法）

株式分割があった場合は注意が必要です。計算期間の途中で分割比率分の株式数が増加するため、期首（A）と期末（B）の株数の基準を正確に把握する必要があります。国税庁の通達では、株式分割があった場合には分割前・分割後の株式数を適切に換算した上で計算することが求められています。

📌 取得単価・後入先出法的考え方の適用（個別法）

個別法において期中に増減がある場合、増加した株式と減少した株式の対応関係をどう考えるかについて、売却は「後入先出し」的に処理する（直近に取得した分から先に売却したものとみなす）アプローチが実務上取られるケースがあります。この処理により、古くから保有している株式の保有期間が最大限確保され、控除額が大きくなる可能性があります。

これらの特殊ケースへの対応を誤ると、過大申告・過少申告どちらにもつながります。迷う場合は、顧問税理士への確認を取った上で申告する対応が確実です。

所得税額控除と損金算入選択の比較：本当に控除すべきかの判断軸

ほとんどの法人実務担当者は「源泉所得税は必ず税額控除を使うべきもの」と思い込んでいます。

しかし、必ずしもそうとは言い切れません。

これが独自視点の重要なポイントです。

所得税額控除は「任意の制度」です。

控除を受けるかどうかは選択できます。

控除を使わない（損金算入を選ぶ）と有利になるケースがあります。

| 比較項目 | 税額控除（別表6(1)を提出） | 損金算入（別表6(1)を提出しない） |
|----------|--------------------------|-------------------------------|
| 税額から差し引く | ✅ 直接控除（節税効果大） | ❌ なし |
| 損金算入 | ❌ 不可 | ✅ 可能（所得が下がる） |
| 欠損年度 | 控除しきれず還付される | 損金として欠損が拡大 |
| 一般的に有利 | 利益が出ている年度 | 欠損が生じている年度 |

利益が出ている年度では、1円の税額控除は法人税率（中小企業で15〜23.2%）よりも常に有利です。ただし、欠損が見込まれる年度では、無理に税額控除を適用して法人税額をゼロにするよりも、損金算入でその年の欠損を大きく確保する方が翌期以降の節税につながるケースがあります。

法人税額がゼロに近い・欠損が予想される事業年度については、税額控除と損金算入の比較検討を税理士とともに行うことが推奨されます。この判断を毎期していない法人は、数万円単位の最適化機会を逃している可能性があります。

所得税額控除の計算を効率化するためのチェックリストと実務フロー

所得税額控除の計算ミスや申告漏れは、実務上かなりの頻度で発生しています。国税不服審判所の公表裁決事例にも、別表6(1)の記載を失念した事例が取り上げられています。

実務フローを整理しておくことが重要です。

✅ 年度末に確認すべきチェックリスト

- 受取配当・受取利子の源泉所得税一覧を元帳から洗い出す
- 預貯金の利子（全額控除）と配当（按分計算要）を区分する
- 配当計算期間（投資先の配当基準日）を銘柄ごとに確認する
- 期中に株式の取得・売却があった銘柄を特定する
- 個別法・簡便法の双方で控除額をシミュレーションする
- 株式区分（株式出資 vs 集団投資信託受益権）を分類する
- 選択した方法が「種類単位で統一」されているか確認する
- 別表6(1)への転記後、別表4・別表1との整合性を確認する
- グループ通算採用の場合は親会社の選択方針を確認する

🛠 実務フロー（簡略版）

1. 源泉所得税明細の収集（入金明細・支払通知書）
2. 全額控除 / 按分計算要の仕分け
3. 按分計算対象分の銘柄別・計算期間の整理
4. 個別法・簡便法の両方で計算シミュレーション
5. 有利な方法を「種類単位」で統一して確定
6. 別表6(1)記入 → 別表4・別表1へ転記
7. 申告書の最終確認

会計ソフトについては、弥生会計やマネーフォワード クラウド会計などの主要ソフトは別表6(1)の自動計算機能を搭載しています。ただし、期中増減がある場合や株式分割があった銘柄については、ソフトの自動計算が実態と一致しているかを手動で確認する手順を省略しないことが大切です。

国税庁「法人税申告書の手引き（別表六(一)記載要領）」：申告書への具体的な転記方法・欄の対応について

所得税額控除の申告漏れが発覚した場合の対処法：更正の請求と注意点

別表6(1)の記載を失念して申告してしまった場合、あとから申告内容を修正して還付を求めることはできるのでしょうか。

平成21年7月10日の最高裁第二小法廷の判決（以下、平成21年最高裁判決）によれば、「所得税額控除を選択せずに確定申告した法人が、その後の更正の請求（国税通則法第23条）によって選択を変更することができるかどうか」について、一定の制限があることが示されています。確定申告後に「やはり控除を選んでいればよかった」という後悔が生じた場合、更正の請求が認められるかどうかは事案によって異なります。

一般論として、申告書に別表6(1)を添付していなかったことによる控除の失念については、法定申告期限から5年以内であれば更正の請求が可能です（国税通則法第23条）。ただし、意図的に損金算入を選択した場合と単純な失念を混同しないよう、申告の選択意図を記録に残しておくことが重要です。

申告後に「計算方法（個別法↔簡便法）の変更」を理由とした更正の請求については、法的なグレーゾーンが存在します。当初から適法に申告していた計算方法を事後的に変更して還付を求めることが認められるかどうかは、税務当局の判断次第となる場合があります。

こうしたリスクを最小化するためには、申告前のシミュレーション段階で個別法・簡便法の比較を行い、有利な方法を確定させてから申告する習慣をつけることが最善策です。申告後の修正よりも事前の確認が圧倒的に重要です。

鳥飼総合法律事務所「最高裁平成21年7月10日判決」：確定申告後に所得税額控除の選択変更を求める更正の請求の可否に関する重要判例

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