有価証券の評価と法人税の損金算入・節税の要件

有価証券の評価と法人税の関係・損金算入の要件

株価が帳簿価額の50%を下回っても、評価損を損金に算入できないケースがあります。

この記事の3つのポイント

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有価証券の分類が法人税の扱いを決める

「売買目的有価証券」か「売買目的外有価証券」かで、期末評価の方法と課税関係が根本から変わります。分類を間違えると申告誤りに直結します。

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評価損を損金算入するには厳格な要件がある

上場株式は「帳簿価額のおおむね50%以下」かつ「回復可能性なし」の2要件を同時に満たす必要があります。50%超の下落だけでは不十分です。

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完全支配関係の子会社株式は原則として損金不算入

グループ通算制度下での完全支配関係がある子会社（清算中を除く）の株式等に計上した評価損は、法人税上の損金に算入できません。見落としやすい落とし穴です。

このページの目次

有価証券の評価と法人税の関係・損金算入の要件

有価証券の分類と法人税における期末評価の基本ルール

法人が保有する有価証券は、まず「売買目的有価証券」と「売買目的外有価証券（投資有価証券）」の2つに大きく分けられます。この分類が、法人税上の期末評価方法を決定づける出発点です。

売買目的有価証券とは、短期的な価格変動を利用して利益を得ることを目的に取得した有価証券です。具体的には、トレーディング部門を持つ金融機関が扱う「専担者売買有価証券」や、取得時の帳簿書類に「短期売買目的」と記載した「短期売買目的有価証券」などが該当します。法人税法施行令では、この範囲が会計基準より厳格に定められています。一般的な事業会社が日常業務の中で保有する株式は、ほとんどの場合、売買目的有価証券には分類されません。

この点が重要です。

期末評価の方法については、次の原則があります。売買目的有価証券は「時価法」で評価し、期末の市場価格に基づいて評価損益を計上します。その評価損益はそのまま益金・損金に算入されます。一方、売買目的外有価証券は「原価法」で評価し、期末に株価がどれだけ変動していても原則として評価の見直しは行いません。つまり、値上がりしても値下がりしても、帳簿価額はそのまま維持されます。

原価法が原則です。

なお、売買目的有価証券の取得原価の算出方法としては、移動平均法と総平均法の2種類があります。法人税では、届出がない場合は移動平均法が自動的に適用されます。総平均法を使いたい場合は、有価証券を取得した事業年度の確定申告期限までに「有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出方法の届出」を税務署に提出しなければなりません。この届出を失念すると選択の余地がなくなるため、注意が必要です。

区分	評価方法	評価損益の扱い
売買目的有価証券	時価法（期末時価）	益金・損金に算入
売買目的外有価証券	原価法（取得原価）	原則として算入しない

参考：売買目的有価証券の仕訳・評価方法の詳細は国税庁Q&Aや以下も参照。

国税庁タックスアンサー No.5574「有価証券の評価損が認められる場合」（評価損の要件と根拠法令を公式に解説）

有価証券の評価損を法人税で損金算入するための要件

売買目的外有価証券は原則として期末評価換えを行いません。しかし、一定の事実が生じた場合には、例外的に評価損の損金算入が認められます。これが適切に活用できれば、法人税の課税所得を引き下げる節税手段になります。

評価損の損金算入が認められるのは、大きく分けて「上場有価証券の場合」と「非上場有価証券の場合」で要件が異なります。まず、いずれの場合にも共通する大前提として、「損金経理」が必要です。これは、会計上の決算書（損益計算書）で評価損を費用として計上していることが条件という意味です。税務申告書上で申告調整だけを行っても損金算入は認められません。経理処理と税務申告の両方を揃えることが条件です。

🔷 上場有価証券（市場有価証券等）の場合

上場有価証券の評価損が損金算入されるには、以下の2要件を同時に満たす必要があります。

① 事業年度末の時価（株価）が、その時の帳簿価額のおおむね50%相当額を下回っていること（法基通9-1-7）

② 近い将来、その価額の回復が見込まれないこと

①の「50%相当額を下回る」という基準は数値として明確ですが、②の「回復可能性なし」の判断が実務上の難所です。国税庁は、株価の回復可能性について「証券アナリストによる個別銘柄・業種別の分析や企業情報などを用いた合理的な根拠が示される場合には尊重する」としています。業界紙や専門誌のアナリスト分析記事を保存しておき、回復しないと判断した根拠を文書で残すことが実務上のポイントです。

この2つが条件です。

なお、過去に会計上は減損処理したが、当時は回復可能性ありと判断して税務上の損金算入を見送った場合（いわゆる「評価損否認額」がある場合）でも、その後の事業年度で税務上の要件を満たした時点で、その否認額を含めて損金算入することが認められます。これは意外と見落とされがちな有利な取扱いです。

🔷 非上場有価証券の場合

非上場株式については、破産・民事再生などの法的手続きが開始された場合を除き、評価損の損金算入が認められるには以下の要件があります（法基通9-1-9）。

事業年度終了時点における発行法人の1株当たりの純資産価額が、有価証券を取得した時点の1株当たりの純資産価額と比べておおむね50%以上下回ること

取得時と期末時のそれぞれで1株当たり純資産価額を算出・比較する必要があり、上場株式のように市場価格を参照するだけでは済みません。財務諸表を取り寄せて純資産の状況を確認する作業が必要です。厳しいところですね。

参考：上場有価証券の評価損に関するより詳細な実務的解説として以下が有用。

アルファ税理士法人「Vol.384 有価証券の評価損の取扱い」（売買目的・非上場の区分別に法人税法上の要件を解説した実務記事）

有価証券の評価損が損金算入できない「落とし穴」と注意点

評価損の損金算入要件を満たしているように見えても、法人税法上は損金算入できないケースが存在します。これを見落とすと、申告誤りや税務調査での指摘に直結します。

最も重要な落とし穴の一つが、完全支配関係にある子会社等の株式に関するルールです。グループ通算制度の適用を受ける法人が有する「他の通算法人の株式等」（通算親法人等を除く）に対して計上した評価損は、損金の額に算入されません（法法33条）。また、完全支配関係がある子会社であっても、清算中の法人の株式については別途の取扱いがあります。

つまり、グループ企業内の株式評価損は注意が必要です。

次に、企業支配株式（その有価証券を所有することで発行法人の財務および営業または事業の方針を支配する関係にある株式）については、上場株式であっても市場有価証券等としての評価損のルールが適用されません。子会社株式や関連会社株式として保有している場合、単純に「株価が50%以下になったから評価損を損金算入できる」とはならない点に注意が必要です。

もう一つ注意したいのが、評価損を計上した後の翌事業年度の処理です。売買目的外有価証券の評価損（法法33条に基づく評価損）は、売買目的有価証券の時価法評価と異なり、翌事業年度での「洗替え計算」は必要ありません。つまり、一度損金算入した評価損は、翌期に株価が回復したとしても遡って修正する必要がなく、再び評価益を益金算入することも求められません。これは知らないと損するポイントです。

✅ 売買目的有価証券の評価損益 → 毎期洗替えが必要（翌期首に逆仕訳）

✅ 売買目的外有価証券の評価損（法法33条） → 洗替え不要・一度損金算入したら維持される

また、評価損を計上する際は確定申告書に「評価損明細（別表14(1)）」の記載と評価損関係書類の添付が必要なケースもあります。再生計画認可の決定等による評価損については、この手続きを怠ると損金算入が認められないため、書類準備は必須です。

参考：評価損の否認・承認をめぐる実際の裁決事例については以下に詳しい。

国税不服審判所「有価証券の評価損公表裁決事例」（評価損の損金算入が争点となった実際の裁決例を確認できる公式ページ）

売買目的有価証券の時価評価と法人税の課税タイミング

売買目的有価証券については、期末に時価評価を行い、その評価損益を法人税の課税所得に反映させる仕組みが採られています。これは、個人投資家が保有する株式の値上がり益が売却するまで課税されないのとは、根本的に異なる点です。

売却していなくても課税されます。

具体的に見てみましょう。仮に100万円で取得した売買目的有価証券の期末時価が120万円だった場合、決算時に次の仕訳を行います。

借方	貸方
売買目的有価証券 20万円	有価証券評価損益 20万円

この20万円の評価益は、実際に売却していなくても益金に算入され、法人税の課税対象となります。事業年度をまたぐ保有であれば、翌事業年度開始時に「洗替え」として逆仕訳を行い、帳簿価額を元に戻した上で改めて期末時価で評価します。これによって毎期の時価変動が課税所得に反映され続けます。

逆に評価損が出た場合、たとえば取得価格100万円が期末に80万円になっていれば、20万円の評価損を損金に算入できます。ただし、ここで注意が必要なのは、法人税法上の「売買目的有価証券」と会計基準上の「売買目的有価証券」では定義が異なる点です。会計上は売買目的と扱っていても、法人税法の要件（専担者売買・帳簿書類への記載要件など）を満たしていなければ、その評価損益を損金・益金算入することはできません。

つまり、会計と税務の整合性が条件です。

一般の中小事業会社では、日常的にトレーディング業務を行うケースはまれです。そのため、大半の保有株式は売買目的外有価証券として扱われ、時価評価は原則行わない、という実務が一般的です。自社の保有有価証券がどの区分に該当するかを確認しておくことが、誤申告を防ぐ第一歩となります。

有価証券の評価と法人税の独自視点：「含み益放置」が招く課税リスク

ここまでは評価損について詳しく触れてきましたが、実は評価益（含み益）の扱いについても、見落とされがちなリスクが存在します。多くの担当者は「売却していなければ課税されない」と思い込んでいます。しかし、保有目的の区分によっては、未売却の状態でも課税が発生する点を改めて確認しておく必要があります。

売買目的有価証券として区分されている場合、期末の含み益はそのまま益金に算入されます。これは前のセクションで述べた通りです。

一方、売買目的外有価証券（投資有価証券）として保有している株式に含み益があっても、原価法による評価のため課税対象にはなりません。たとえ決算書上で「その他有価証券評価差額金」として純資産に含み益を計上していても、法人税の課税所得には影響しません。これは原則です。

ただし、このルールには重要な例外があります。グループ通算制度に加入・離脱する際や、適格合併・適格分割等の組織再編が行われる際には、一定の有価証券について「時価評価」が強制される場面があります。具体的には、グループ通算制度への加入時に時価評価対象資産となる有価証券（帳簿価額が1,000万円以上のもの等）については、加入時点での時価評価益が課税所得に算入されることがあります。

これは痛いですね。

つまり、普段は問題なく含み益を保有できていた投資株式が、組織再編や制度変更のタイミングで一気に課税対象になるリスクがあるということです。事業規模の拡大や組織再編を検討している法人は、事前に税理士や税務専門家に相談して、保有有価証券の評価がどのように扱われるかを確認しておくことが重要です。対策を事前に講じるか否かで、数百万円〜数千万円単位の税負担差が生じることもあります。