医療法人の相続・事業承継と税務対策を知る

医療法人の相続・事業承継と税務対策を徹底解説

経営が順調な医療法人ほど、相続時に後継者が払えない税金が発生する。

医療法人の相続で「出資持分」が問題になる理由

医療法人の相続において、最初に理解すべき核心は「出資持分」という概念です。持分ありの医療法人（経過措置型医療法人）では、出資者は法人の純資産に対する財産的権利を持ちます。これは株式会社でいう「株式」に近い性質ですが、株式と大きく異なるのは「配当が禁止されている」という点です。

医療法第54条により、医療法人は剰余金の配当が一切禁止されています。その結果、クリニックの経営で得た利益は出資者に還元されることなく、すべて法人内部に「内部留保」として積み上がっていきます。この仕組みが、相続税の爆弾となるのです。

つまり出資持分の問題です。税務上、出資持分の評価額は「法人の純資産価額」に直結しており、内部留保が増えれば増えるほど評価額が高騰します。たとえば、最初に1,000万円を出資して設立した医療法人でも、30年間経営を続けて内部留保が積み上がった結果、評価額が5億円を超えるケースも実際に存在します（出典：日本公認税理士会のセミナー資料）。

🔍 それで大丈夫でしょうか？

この「評価上の資産価値」は現金として引き出せるわけではありません。医療法人は配当も禁止されているため、出資者は持分を「保有している」だけで、換金手段が極めて限られているのです。ところが相続が発生すると、この換金困難な資産に対して高額な相続税が課されます。後継者にとっては、手元にない現金で税金を払う羽目になる、非常に過酷な構造といえます。

医療法人の種類	設立時期	相続税の取り扱い
持分あり医療法人（経過措置型）	2007年3月以前	出資持分が課税対象。評価額が高額になりやすい
持分なし医療法人	2007年4月以降（新規設立はこちらのみ）	出資持分の概念がなく、原則として相続税は不発生

出資持分の評価方法には、主に「純資産価額方式」と「類似業種比準方式」の2つがあります。純資産価額方式は、相続開始時点の総資産から負債を差し引いた純資産をベースに持分割合を乗じる方法です。類似業種比準方式は、類似した上場企業の株価と、配当・利益・純資産の3要素を比較して算出します。医療法人は配当がゼロのため、類似業種比準方式の「配当」要素は常にゼロになる点が特徴的です。

参考：持分あり医療法人の承継に関する詳細は、みずほ証券のレポートが詳しくまとめています。

持分ありの医療法人の継承方法の整理｜みずほ証券

医療法人の事業承継に「事業承継税制」は使えない仕組み

金融や事業承継に関心のある方であれば、「事業承継税制」という制度を耳にしたことがあるでしょう。中小企業の後継者が株式を相続・贈与された際に、相続税・贈与税の納税を猶予・免除できる非常に強力な制度です。これは使えそうです。

しかし、医療法人にはこの制度が適用されません。これが原則です。

事業承継税制の適用要件として「中小企業基本法上の中小企業者」に該当することが必要です。医療法人は医療法に基づく非営利法人であり、中小企業基本法の「中小企業者」には分類されないため、原則として対象外となります。つまり、一般企業では当然のように使える税制優遇が、医療法人では使えないのです。

では医療法人はどうすればよいのでしょうか？

医療法人が利用できるのは、「認定医療法人制度」という別の特例制度です。この制度は、持分あり医療法人が持分なし医療法人への移行計画を策定し、厚生労働大臣の認定を受けることで、移行に際して発生する贈与税や相続税の納税が猶予・免除される仕組みです。

• 📋 認定医療法人制度の概要：持分あり→持分なしへの移行計画が厚生労働大臣に認定されると、移行時の贈与税が猶予される。認定後6年間要件を維持し続ければ、猶予税額が全額免除される。
  




• ⏰ 認定の期限：現行制度は2026年12月31日が認定申請の期限。ただし2024年末の税制改正大綱で3年延長（2029年12月末まで）が計画されており、最新情報の確認が必要。
  




• ⚠️ 要件の継続義務：認定後6年間は毎年報告書の提出が必要。同族関係者の議決権割合が1/2以下、役員等への年間給与総額3,600万円以下などの条件を満たし続けなければならない。
  




• 🔒 後戻り不可：持分なし医療法人に移行すると、持分あり医療法人には戻れない。移行後は出資者が財産権を失うため、慎重な判断が求められる。
  

認定医療法人制度は事業承継の切り札になりえますが、要件が複雑で運用が厳しいため、専門家の関与なしに進めることはリスクが大きいといえます。

参考：認定医療法人制度の延長に関する厚生労働省の資料は以下からご確認いただけます。

認定医療法人制度の延長等について｜厚生労働省

医療法人の相続税を下げる役員退職金の活用法

持分あり医療法人において、相続税対策の最強の一手として知られるのが「役員退職金」の活用です。これは使えそうです。

仕組みはシンプルです。理事長などが退職する際に高額な退職金を支払うことで、法人の内部留保（純資産）を大きく削減し、出資持分の評価額を引き下げます。評価額が下がれば、相続税・贈与税の課税対象額も減少します。さらに、退職金は法人にとっては「損金（経費）」として計上できるため、法人税の節税にも同時に効果があります。

退職金を受け取った側の理事長にも、大きな税制優遇があります。退職所得は、まず「退職所得控除」という大きな控除枠が差し引かれ、さらにその残額の1/2に税率が適用されます。給与や役員報酬として同じ金額を受け取る場合と比べて、所得税・住民税の負担が大幅に軽くなります。厳しいところですね（在職中の課税と退職後の格差は非常に大きい）。

役員退職金の金額は「功績倍率法」で算定するのが一般的です。

項目	内容・目安
計算式	最終報酬月額 × 役員在任年数 × 功績倍率
功績倍率（理事長）	3.0倍が目安上限
功績倍率（その他理事）	2.0倍程度が目安
計算例	月額150万円 × 30年 × 3.0倍 = 1億3,500万円

この計算式によって算出した金額であれば、税務上も妥当な金額として認められやすいです。ただし、退職直前に不当に報酬月額を引き上げた場合は否認リスクが高まるため注意が必要です。

また、理事長が亡くなった際に支払われる「死亡退職金」には、500万円×法定相続人の数という非課税枠が設けられています。法定相続人が配偶者と子2人の3人であれば、1,500万円までは相続税がかかりません。さらにこれとは別に、「弔慰金」としての非課税枠（業務外死亡の場合、役員報酬月額の6か月分）も活用できます。

役員退職金を活用する際、一点だけ注意が必要です。利益を圧縮しすぎると「比準要素数1の会社」に該当し、類似業種比準方式の計算結果が純資産価額に偏り、かえって評価額が高くなるケースがあります。バランスが条件です。専門家と連携しながら、どの程度退職金を支払うか慎重に設計することが肝心です。

参考：役員退職金による出資持分評価引き下げの詳細解説はこちらが参考になります。

医療法人の相続税対策！役員退職金で出資持分評価を下げる方法｜Prime Partners税理士法人

医療法人の事業承継でMS法人が果たす独自の役割

あまり表舞台では語られませんが、医療法人の相続・事業承継において「MS法人（メディカルサービス法人）」の活用は非常に有効な戦略です。MS法人とは、医療法人に関連するサービス業務（医療機器のリース、院内清掃、調剤・医薬品の販売、駐車場運営など）を担う別の法人です。

MS法人を活用した相続対策の核心は、医療法人の利益（＝内部留保の源）をMS法人に移転させることで、医療法人の純資産そのものを抑制するという点にあります。医療法人の純資産が小さくなれば、出資持分の相続税評価額も低く抑えられます。これが基本です。

具体的には、以下のような仕組みで医療法人からMS法人へ利益を移転させます。

• 🏢 リース料の支払い：医療機器や建物をMS法人が所有・管理し、医療法人がリース料を支払う。医療法人側でリース料が経費計上され、利益が圧縮される。
  




• 📦 サービス業務の委託：清掃・給食・送迎などの業務をMS法人に委託し、業務委託費として医療法人から支払う。
  




• 💊 医薬品・消耗品の仕入れ代理：MS法人が仕入れ窓口となり、医療法人に販売する形で利益を分散する。
  

MS法人は通常の株式会社として設立するため、理事長の配偶者や子どもをMS法人の株主・役員として関与させることができます。将来的には、MS法人の株式そのものを後継者に承継させることも可能です。MS法人の株式は一般の事業承継税制の対象になりえるため、医療法人の承継と組み合わせることで税負担の全体最適化が図れます。

ただし、MS法人との取引が「不当に高額」または「実態のないもの」と税務署に認定された場合、損金算入が否認されるリスクがあります。取引価格は市場価格に即した適正額に設定し、取引実態を明確に記録しておく必要があります。設計はMS法人のことをよく知る医療専門税理士に依頼するのが安全です。

医療法人の相続・事業承継で見落とされがちな遺産分割と経営権の分断リスク

医療法人の相続対策を考える際、多くの方は「出資持分の税金」に注目します。しかし、それと同じくらい重要なのが「経営権と財産権が分離する」という医療法人特有のリスクです。意外ですね。

株式会社では、株式の過半数を持つ者が経営権（議決権）の過半数も掌握します。しかし医療法人（社団医療法人）では、社員1人につき議決権は1個です。出資持分の割合に関係なく、各社員が平等に1票を持ちます。

つまり、後継者が出資持分の100%を相続しても、社員総会で他の社員全員が反対すれば経営方針を通せないのです。これが原則です。

さらに、出資持分（財産権）は相続によって分散するリスクがあります。理事長に子供が複数いる場合、出資持分を均等相続すると、後継者ではない相続人が持分の払戻請求権を行使し、医療法人に数千万円規模の払戻しを要求するケースが起きています（出典：承継M-Plat「出資持分払戻請求権」記事）。払戻しを求められた医療法人は、急遽多額の現金を用意しなければならなくなります。痛いですね。

これを防ぐためには、生前に「遺言書」を作成し、出資持分を後継者1人に集中させることが非常に重要です。あわせて、医療法人の社員（議決権を持つメンバー）の構成も、後継者が経営を安定的に維持できるよう整理しておく必要があります。後継者を早期に理事として参加させ、3年以上の実績を積ませておく準備も欠かせません。

事業承継で忘れてはならないのが納税資金の確保です。出資持分は「持っているが換金できない資産」のため、相続税の納税資金を事前に準備しておく必要があります。医療法人を契約者・被保険者を理事長とする生命保険（逓増定期保険など）に加入し、解約返戻金や死亡保険金を退職金・相続税の納税原資とする対策が広く活用されています。

参考：医療法人の事業承継の全体的な流れと注意点は三菱UFJ銀行のコラムが詳しくまとめています。

医療法人・開業医の事業承継はどのように進める？｜MUFGウェルスマネジメント