医療費控除の確定申告やり方を医療従事者向けに完全解説

医療費控除の確定申告やり方と医療従事者が知るべき全手順

年末調整で医療費控除を申告したつもりでいると、毎年数万円の還付金をそのまま捨てています。

医療費控除の確定申告とは何か・基本的な仕組み

医療費控除とは、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費の合計が一定額を超えた場合に、所得税の計算から差し引ける所得控除の制度です。 控除を受けることで課税所得が下がり、結果として所得税と住民税の両方が安くなります。 freee.co(https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/summary-medical/)

医療費控除の最大控除額は200万円です。 控除額の基本的な計算式は以下の通りです。 manekomi.tmn-anshin.co(https://manekomi.tmn-anshin.co.jp/kakei/17568761)

• 医療費控除額＝（年間医療費合計）−（保険金などで補填された金額）−（10万円 ※所得200万円未満の場合は所得の5%）

所得が200万円以上の場合、差し引く金額は一律10万円です。 所得200万円未満の場合は「所得金額×5%」が差し引く金額になるため、医療費が10万円を下回っていても申告できるケースがあります。これは重要な点です。 manekomi.tmn-anshin.co(https://manekomi.tmn-anshin.co.jp/kakei/17568761)

たとえば所得が150万円の方は、差し引き基準が7万5,000円になります。 つまり医療費が7万5,001円を超えていれば、控除を受けられるということですね。 manekomi.tmn-anshin.co(https://manekomi.tmn-anshin.co.jp/kakei/17568761)

医療費控除は年末調整では受けられません。 病院勤務・クリニック勤務を問わず、医療従事者も自分で確定申告を行う必要があります。 freee.co(https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/medical-deduction/)

国税庁の医療費控除に関する公式解説はこちらから確認できます（控除の要件・計算方法の一次情報）。

国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）

医療費控除の確定申告に必要な書類と事前準備

確定申告で医療費控除を申請するには、以下の書類を揃えることが最初のステップです。 cr.mufg(https://www.cr.mufg.jp/mycard/beginner/23102/index.html)

書類名	入手先・備考
確定申告書	国税庁の確定申告書等作成コーナー、または税務署窓口
医療費控除の明細書	国税庁サイトからダウンロード、または税務署窓口
源泉徴収票	勤務先から発行（給与所得者の場合）
医療費の領収書	自宅で5年間保管が必要（提出は不要）
医療費通知（医療費のお知らせ）	健康保険組合から届くもの（任意利用可）

2017年以降、領収書を税務署に提出する必要はなくなりました。 ただし、5年間は自宅で保管する義務があります。 税務署から求められた際に提出できる状態にしておくことが条件です。 nta.go(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/iryou-koujo.htm)

医療費通知（医療費のお知らせ）がある場合は、これを利用して明細書の入力を大幅に省略できます。 マイナポータルと連携すれば、医療費データを自動取得することも可能です。 事前にマイナンバーカードのアプリ設定を済ませておくと、当日の手間が減ります。 youtube(https://www.youtube.com/watch?v=iyDVMsJKZNw)

領収書は必須です。

医療費控除の対象になる費用・ならない費用の判断基準

医療費控除の申告で最もつまずきやすいのが、対象費用の判断です。 「治療のためかどうか」が基本的な判断軸になります。 hokende(https://www.hokende.com/life-insurance/medical/columns/medicaldeduction)

対象になる主な費用は以下の通りです。

• 🏥 病院・歯科医院・薬局での診療費・治療費・処方薬代
• 💊 治療目的の市販薬（風邪薬・胃腸薬など）
• 🚃 通院のための公共交通機関（バス・電車）の交通費
• 🦷 治療目的の歯列矯正費用（子どもの矯正など）
• 🤰 出産費用（入院・分娩にかかる費用）
• 🧑‍🦯 介護保険サービスの自己負担額（一部）

一方、対象にならない費用も明確にあります。 hokende(https://www.hokende.com/life-insurance/medical/columns/medicaldeduction)

• ❌ 美容整形・美容目的の歯列矯正
• ❌ 疲労回復・体調維持のためのマッサージ・サプリメント
• ❌ 自家用車でのガソリン代・駐車場代
• ❌ 健康診断費用（ただし、異常が見つかり治療につながった場合は対象）
• ❌ 入院時の差額ベッド代（本人が希望した場合）

通院交通費は対象になりますが、ガソリン代は対象外が原則です。 公共交通機関が使えない場合のタクシー代は例外的に認められることがあります。 meetsmore(https://meetsmore.com/services/tax-return-accountant/media/43948)

交通費は1回ごとにメモしておくのが基本です。

医療費控除の対象費用について詳しくは国税庁のQ&A（具体的な対象・対象外の事例が豊富）も参考になります。

国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）Q&A

医療費控除の確定申告のやり方・ステップごとの手順

確定申告の手順は、大きく5つのステップに分かれます。 一つひとつ確認しながら進めれば、初めてでも迷いにくい流れです。 oag-tax.co(https://www.oag-tax.co.jp/asset-campus-oag/medical-expenses-deduction-final-return-1521)

ステップ①　年間の医療費を集計する

1月1日〜12月31日の間に支払った医療費の領収書をすべて集め、合計金額を確認します。 健康保険組合から届く「医療費通知（医療費のお知らせ）」があれば、大半の費用をこれで代替できます。交通費など通知に載らない費用は、手書きで追加します。 freee.co(https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/summary-medical/)

ステップ②　医療費控除の明細書を作成する

国税庁のサイトから「医療費控除の明細書」をダウンロードし、医療機関・薬局ごとに支払金額を記入します。 確定申告書等作成コーナー（オンライン）を使えば、自動で計算してくれるため手書きより効率的です。 sorimachi.co(https://sorimachi.co.jp/column/taxreturn/20250225_01/)

ステップ③　確定申告書を作成する

確定申告書の第一表にある「所得から差し引かれる金額」の中の「医療費控除㉗」欄に控除額を記入します。 e-Taxの作成コーナーを使うと、入力画面の案内に従うだけで自動的に計算・記入されます。 airregi(https://airregi.jp/magazine/guide/11191/)

ステップ④　税務署に提出する

提出方法は3つあります。 freee.co(https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/summary-medical/)

• 📱 e-Tax（オンライン送信）：マイナンバーカードがあれば自宅から提出可能で最も手軽
• 📮 郵送：所轄の税務署に書類を郵送する
• 🏢 窓口持参：確定申告期間中（原則2月16日〜3月15日）に直接提出

e-Taxが便利ですね。

ステップ⑤　還付金の振り込みを確認する

確定申告後、税務署での審査を経て還付金が指定口座に振り込まれます。 e-Taxで提出した場合、還付まで3週間〜1ヶ月程度が目安です。紙提出は1〜2ヶ月かかることがあります。 freee.co(https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/summary-medical/)

確定申告書等作成コーナー（国税庁公式のオンライン入力ツール・医療費の入力方法動画もあり）はこちらです。

国税庁 確定申告書等作成コーナー

医療従事者ならではの視点：職場の健診費用と医療費控除の落とし穴

医療従事者に特有の事情として、職場で受ける健康診断・定期検診の費用が医療費控除の対象になるかどうか、疑問に思う方は多いです。結論は「原則として対象外」です。 hokende(https://www.hokende.com/life-insurance/medical/columns/medicaldeduction)

健康診断はあくまで「疾病の予防・発見」を目的とするもので、「治療」ではないため控除対象になりません。ただし、健診の結果で異常が見つかり、そのまま引き続き治療を受けた場合は、健診費用も含めて医療費控除の対象になります。 これは意外ですね。 hokende(https://www.hokende.com/life-insurance/medical/columns/medicaldeduction)

また、医療従事者は職業柄、医薬品や医療消耗品を自費で購入することがあります。これらは「業務用」の場合は経費になりますが、私的な健康維持・病気治療目的であれば医療費控除の対象になり得ます。治療目的かどうかが条件です。

さらに、セルフメディケーション税制（市販薬の購入費を控除する制度）は、通常の医療費控除と同時には使えません。 両方申請することはできず、どちらか有利な方を選ぶ必要があります。一度選択したら修正申告でも変更できないため、事前の比較計算が重要です。 nta.go(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/iryou-koujo.htm)

• 💡 セルフメディケーション税制の対象：スイッチOTC医薬品（薬局で買える特定の市販薬）の年間購入額が1万2,000円を超えた分が控除対象
• 💡 通常の医療費控除との選択適用のため、どちらが有利か計算してから選ぶこと

どちらが得かは所得と医療費の額次第です。

確定申告の医療費控除とセルフメディケーション税制の違いについては、freeeのわかりやすい解説記事も参考になります。

freee 医療費控除とは？対象になるもの・ならないものを一覧でわかりやすく解説

医療費控除の確定申告で還付金はいくら戻るか・計算例

実際にいくら戻るのか、具体的な数字で確認しておきましょう。還付金の額は「医療費控除額×所得税率」で算出されます。 biz.moneyforward(https://biz.moneyforward.com/tax_return/basic/46/)

たとえば年収600万円・課税所得400万円の医療従事者が、年間30万円の医療費を支払った場合の計算は以下の通りです。

• 医療費控除額：30万円 − 10万円 ＝ 20万円
• 所得税率：課税所得400万円の場合は20%
• 所得税の還付額：20万円 × 20% ＝ 4万円
• 住民税の軽減：20万円 × 10% ＝ 2万円（翌年の住民税が減額）
• 合計で約6万円の負担軽減

所得税と住民税の両方が下がります。 「所得税だけ戻る」と思っていると住民税の軽減を見落とすので注意が必要です。 oag-tax.co(https://www.oag-tax.co.jp/asset-campus-oag/medical-expenses-deduction-final-return-1521)

還付金の受け取りには、申告書への銀行口座の記入が必須です。 申告後に口座情報を変更することはできないため、入力ミスがないよう確認してから提出しましょう。 freee.co(https://www.freee.co.jp/kb/kb-kakuteishinkoku/summary-medical/)

医療費控除の計算方法や所得税率の一覧は、国税庁の確定申告特集ページで確認できます（令和7年分の最新情報も掲載）。

国税庁 令和7年分 確定申告特集 医療費控除を受ける方へ