

医療費控除の申告をしたのに、思っていたより還付金が少なかった——そんな経験はないでしょうか。実は、医療費控除の計算を正しく行っている人は意外と少ないのです。
医療費控除は、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、確定申告によって所得税の一部が戻ってくる「所得控除」の制度です。基本が原則です。
還付金を計算するには、まず「医療費控除対象額」を求め、それに自分の所得税率をかけます。計算式は以下の2ステップで成り立っています。
| ステップ | 計算内容 |
|---|---|
| ①医療費控除対象額 | 支払った医療費合計 − 保険金等補填額 − 10万円(所得200万円未満は所得×5%) |
| ②還付される所得税 | 医療費控除対象額 × 所得税率(5%〜45%) |
ここで多くの人が見落としているのが「所得200万円未満の特例」です。年金収入のみで生活している方や、育休・産休中の方は所得が低くなりやすく、この特例に該当することがあります。所得が150万円なら「10万円」ではなく「7万5,000円(150万円×5%)」が差し引かれるため、実は医療費が8万円でも申告できるのです。意外ですね。
所得別の還付金シミュレーションを確認しましょう。医療費を30万円支払い、保険金等の補填はないものとして試算します。
| 課税所得 | 所得税率 | 医療費控除対象額 | 所得税還付金 | 住民税軽減額 | 合計効果 |
|---|---|---|---|---|---|
| 150万円 | 5% | 22万5,000円 | 約1万1,250円 | 約2万2,500円 | 約3万3,750円 |
| 450万円 | 20% | 20万円 | 約4万円 | 約2万円 | 約6万円 |
| 800万円 | 23% | 20万円 | 約4万6,000円 | 約2万円 | 約6万6,000円 |
注目してほしいのは「住民税軽減額」の列です。住民税は所得税とは別に、翌年分が自動的に減額されます。住民税の税率は一律10%なので、医療費控除対象額が20万円なら翌年の住民税が2万円安くなります。シミュレーションは所得税の還付金だけで終わりにしないことが条件です。
参考:国税庁「医療費を支払ったとき(医療費控除)」の公式説明はこちらで確認できます。
国税庁|医療費を支払ったとき(計算・控除の仕組みの公式解説)
医療費控除で最も多い計算ミスが、保険金・給付金の引き方です。多くの人が「受け取った給付金合計をまとめて引く」と思い込んでいますが、それは間違いです。
正しいルールは「保険金はその病気の医療費からしか引かない」というものです。
たとえば、こんなケースを考えてみましょう。
間違った計算(よくある誤り):
(30万+30万)− 50万 − 10万 = 0円(控除なし)
正しい計算:
胃がんの給付金50万円は、胃がんの医療費30万円からしか引けません。引ける上限は支払った医療費の30万円までです。
(胃がん:30万 − 30万 = 0円)+(歯の矯正:30万)= 30万円 → 30万 − 10万 = 20万円控除
この正しい計算をするだけで、課税所得450万円の人なら約4万円の還付金が生まれます。つまり給付金の「引き算の順番」を知っているかどうかで、数万円の差が出るということです。
引ききれなかった給付金(超過分)は他の医療費から引く必要はない、これが原則です。生命保険の入院給付金・手術給付金、健康保険の高額療養費、出産育児一時金などがこのルールの対象になります。一方で、就業不能保険や所得補償保険のような「収入の代わりに受け取る給付金」は医療費から差し引く必要はありません。これは問題ありません。
参考:保険金がある場合の医療費控除の計算方法を詳しく解説した記事です。
保険金のほうが多い時の医療費控除について|まねこみ(FP監修)
医療費控除には「通常の医療費控除」と「セルフメディケーション税制(特例)」の2種類があります。この2つは同じ年に併用できません。どちらを選ぶかで、実際の還付金に大きな差が出ることがあります。
まず、それぞれの制度の違いを整理します。
| 比較項目 | 通常の医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 対象 | 病院・歯科・通院交通費など | 対象OTC医薬品(スイッチOTC)の購入費 |
| 足切り額 | 10万円(所得200万未満は所得×5%) | 1万2,000円 |
| 控除上限額 | 200万円 | 8万8,000円 |
| 前提条件 | なし | 健康診断・予防接種等の受診が必要 |
セルフメディケーション税制の大きなメリットは、足切り額が1万2,000円と低いことです。年間の医療費が10万円に届かなくても、対象OTC医薬品を1万2,001円以上購入していれば控除が受けられます。これは使えそうです。
では、具体的にどちらがお得なのかシミュレーションしましょう。課税所得450万円(所得税率20%)の方を例にします。
通常の医療費控除を選んだ場合:
12万 − 10万 = 2万円の控除 → 還付金:2万 × 20% = 4,000円
セルフメディケーション税制を選んだ場合(OTC医薬品5万円のみ対象):
5万 − 1万2,000円 = 3万8,000円の控除 → 還付金:3万8,000円 × 20% = 7,600円
この例ではセルフメディケーション税制の方が約3,600円お得になります。ただし、病院での医療費が10万円を大きく超える場合は通常の医療費控除の方が有利になります。両方を事前に計算して比較するのが基本です。
なお、セルフメディケーション税制の前提として、その年に「健康診断・予防接種・がん検診・人間ドック」などを受けている必要があります。受診記録が確認できる書類を手元に用意しておきましょう。
参考:通常の医療費控除とセルフメディケーション税制の比較シミュレーターです。
ZEIMO|医療費控除とセルフメディケーション税制どちらがお得かを計算するツール
ふるさと納税をワンストップ特例で済ませた方が医療費控除の申告をすると、ふるさと納税の控除が丸ごと消えてしまいます。痛いですね。
これは非常に重要なポイントで、実際に毎年多くの方が気づかずに損をしています。仕組みを正確に理解しておきましょう。
なぜこうなるのか?
ふるさと納税のワンストップ特例制度は「確定申告が不要な人が使える簡易手続き」です。しかし医療費控除を申請するには確定申告が必要になります。確定申告を行った時点で、ワンストップ特例の申請はすべて自動的に無効化されます。無効になった分は自動では復活しません。
対策はシンプルです。確定申告の申告書に「寄附金控除」の欄でふるさと納税の内容を改めて入力すれば、控除は正常に適用されます。ただし「記入し忘れると寄付が全額ムダになる」ため、必ず2つをセットで申告するのが条件です。
必要な書類は以下の通りです。
e-Taxを使えば、確定申告書の「寄附金控除」欄に寄附先・金額を入力するだけで計算されます。マイナンバーカードがあればすべてオンラインで完結します。確認する、この一手間が数万円を守ることになります。
参考:ふるさと納税と医療費控除を同時に申告する際の正しい手順と注意点です。
医療費控除の申告を忘れていた、あるいは「10万円には届かないと思って申告しなかった」という方に知ってほしい事実があります。医療費控除は過去5年分を遡って申告し、還付を受けることができます。これは必須の知識です。
この手続きを「還付申告」と呼びます。通常の確定申告期間(2月16日〜3月15日)とは無関係に、対象年の翌年1月1日から5年間、いつでも申告できます。
| 対象年 | 申告可能期限 |
|---|---|
| 2021年分 | 2026年12月31日まで |
| 2022年分 | 2027年12月31日まで |
| 2023年分 | 2028年12月31日まで |
| 2024年分 | 2029年12月31日まで |
ただし、注意点が1つあります。早めに申告しないと損する可能性があるケースです。還付を受けた年の翌年以降の住民税・国民健康保険料・高額療養費の自己負担上限額などに影響が出る場合があります。所得税の還付だけを見れば5年以内でよいのですが、住民税への反映は申告した年の翌年分が対象になるため、遅れれば遅れるほど住民税の恩恵を受けられる期間が短くなります。つまり早めに動くのが基本です。
遡って申告する場合に用意すべきものは以下の通りです。
過去の申告書は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」から年度を指定して作成できます。e-Taxを使えばそのまま送信も可能です。過去の医療費の領収書が手元に揃っているなら、今すぐ確認することをおすすめします。
参考:医療費控除を過去分に遡って申告する手順を詳しく解説した記事です。
freee|医療費控除をさかのぼって申告する方法(期限・手順・注意点)