区分地上権の登記と例を正しく理解する方法

区分地上権の登記と例：知らないと数百万円損する実務の全知識

あなたが相続した土地の下に地下鉄が走っていても、登記簿を見落とすだけで相続税を約320万円も余分に払い続けることになります。

区分地上権とは何か：登記の前提となる基礎知識

区分地上権とは、土地の地下または空間の一部について「上下の範囲」を定めて設定する地上権のことです（民法第269条の2）。通常の地上権が「土地全体」を対象とするのと異なり、区分地上権は「地下○メートルから○メートルの間」といった特定の層だけを利用対象とします。

この権利が実際に使われている場面は、私たちの生活のすぐそばにあります。都市部の地下鉄トンネル、高速道路の高架橋、送電鉄塔の下を通る高圧線、ガス管や水道管の地下敷設などが典型例です。物権の一種であるため、登記によって第三者への対抗力を持つことができます。

通常の地上権との違いを整理すると、次のようになります。

| 比較項目 | 通常の地上権 | 区分地上権 |
|---|---|---|
| 利用範囲 | 土地全体（地上・地下・空中） | 地下または空間の特定範囲のみ |
| 設定目的 | 建物・竹木の所有など一般的利用 | 工作物の設置（トンネル・送電線等） |
| 登記事項 | 目的・存続期間・地代など | 上記に加えて「範囲」が必須 |
| 土地表面の利用 | 制限される | 範囲外は土地所有者が自由に利用できる |

物権であるという性質が非常に重要です。物権は「誰に対しても主張できる権利」ですから、地主が土地を売却して所有者が変わっても、区分地上権は消えません。

登記があれば新所有者にも対抗できます。

これが賃借権（債権）との本質的な違いです。

民法第269条の2（地下又は空間を目的とする地上権）の全文・解説 ― クレアール

区分地上権の登記記載例：乙区に何が書かれるのか

区分地上権の設定登記は、土地の登記記録の「権利部（乙区）」に記録されます。甲区は所有権に関する記録、乙区は所有権以外の権利（地上権・抵当権・賃借権など）に関する記録です。

実際の登記記載例（地下鉄トンネルを目的とするケース）を見てみましょう。

| 記載項目 | 記載例①（地下鉄） | 記載例②（高架道路） |
|---|---|---|
| 登記の目的 | 地上権設定 | 地上権設定 |
| 原因日付 | 令和○年○月○日設定 | 令和○年○月○日設定 |
| 目的 | 地下鉄道所有 | 高架道路所有 |
| 範囲 | 東京湾平均海面下30メートルから100メートルの間 | 標高18メートルから上30メートルの間 |
| 存続期間 | 50年 | 30年 |
| 地代 | 年金○○円（毎年3月末日払い）または無償 | 無償 |
| 権利者 | ○○鉄道株式会社 | ○○道路公社 |

登記記録には「範囲」の記載が必須です。これが区分地上権の登記において最も重要なポイントになります。

範囲の記載方法は2種類あります。ひとつは「東京湾平均海面の上（または下）○メートルから○メートルの間」という絶対的な標高を基準とする方法です。もうひとつは「土地の東南隅の地点の下○メートルから○メートルの間」という土地の特定地点を基準とする方法です。なお、不動産登記令の規定では、範囲を明らかにする図面の添付は「不要」とされています。意外に感じるかもしれませんが、書面1枚で明確に表現できる数値記載があれば図面なしで登記できます。

不動産登記の申請書様式について（法務局公式）

区分地上権の登記申請書：記載すべき必要事項の全体像

実際に区分地上権設定の登記申請書を作成する場合、記載が必要な事項は法律で定められています。

以下に整理します。

| 記載事項 | 内容 | 必須/任意 |
|---|---|---|
| 登記の目的 | 「地上権設定」と記載 | 必須 |
| 原因日付 | 契約成立日（または利害関係人承諾日） | 必須 |
| 目的 | 例：地下鉄道所有・高架道路所有 | 必須 |
| 範囲 | 上下の具体的な層（標高・深度で記載） | 必須 |
| 存続期間 | 定めた期間（定めない場合はその旨） | 任意 |
| 地代 | 年額・支払期日（無償の場合は「無償」） | 任意 |
| 土地使用制限の定め | 土地所有者の利用制限内容 | 任意 |
| 権利者（地上権者） | 住所・氏名または法人名 | 必須 |
| 義務者（土地所有者） | 住所・氏名または法人名 | 必須 |
| 課税価格 | 固定資産税評価額 | 必須 |
| 登録免許税 | 課税価格×1000分の10（設定の場合） | 必須 |

原因日付について注意すべき点があります。原則として設定契約の日が原因日付になりますが、例外があります。既存の用益権者（賃借権者など）の承諾が必要な場合は、その「承諾の日」が原因日付になります。この例外を知らないまま申請すると、日付の記載が誤ったものになってしまいます。

設定登記の登録免許税は「固定資産税評価額×1.0%（1000分の10）」です。売買による移転の場合は2.0%ですが、設定登記は1.0%となります。これは決して安い金額ではないため、事前に固定資産評価証明書を取得して計算しておくことが重要です。

登録免許税の税額表（国税庁）

区分地上権設定に必要な添付書類と手続きの流れ

登記申請に必要な書類を押さえておきましょう。抜け漏れがあると法務局で補正を求められ、手続きが遅延します。

必要書類のリストは次の通りです。

- 登記申請書：法務局の書式に従い作成します
- 登記原因証明情報：設定契約書そのものか、報告形式の証明情報を用意します
- 登記識別情報または権利証：土地所有者（義務者）のものが必要です
- 印鑑証明書：土地所有者のもの（申請日から3ヶ月以内のもの）
- 固定資産評価証明書：登録免許税の計算のために市区町村役場で取得します
- 代理権限証書（委任状）：司法書士など代理人が申請する場合に必要です

手続きの流れを整理します。①設定契約書の締結 → ②必要に応じて分筆登記（土地の一部が対象の場合） → ③登記申請書・添付書類の準備 → ④法務局への申請（窓口・郵送・オンライン申請のいずれか）→ ⑤登記完了・登記識別情報の受領、という順番です。

分筆登記が必要になる場面があります。1筆の土地の一部のみに区分地上権を設定したい場合、その部分を別の筆として切り出す分筆登記が先に必要です。国土交通省関東地方整備局の資料によれば、トンネル構造部が土地の一部を通過するケースでは、事業範囲と管理幅を含む部分を分筆してから設定登記をするのが標準的な手順とされています。

申請は、その土地を管轄する法務局（登記所）に行います。管轄外の法務局では受け付けられないため、必ず事前に確認してください。

区分地上権の登記：利害関係人の承諾が必要なケース

区分地上権を設定するとき、すでにその土地に別の権利が存在している場合は「利害関係人」の承諾が必要になります。これを知らずに申請しても、法務局で受理されません。

区分地上権設定の際の利害関係人として認められるのは、次の権利者たちです。

- 📌 用益権者（賃借権者・地上権者・永小作権者など）
- 📌 用益権の仮登記の名義人
- 📌 使用収益をしない旨の特約のない不動産質権者
- 📌 地上権・永小作権・採石権を目的とする抵当権者

一方、利害関係人に「ならない」のは、使用収益をしない旨の特約のある不動産質権者と、通常の担保権者です。担保権者（抵当権者）は原則として利害関係人には該当しません。

ただし、ここには大きな実務上の注意点があります。

区分地上権の順位が問題になります。

もし先順位の抵当権がある状態で区分地上権を後順位で設定すると、その抵当権が実行されて競売になった場合、後順位の区分地上権は消滅してしまいます。

権利が消えるということです。

国土交通省関東地方整備局が発行する区分地上権設定補償のあらましでは、抵当権等が設定されている土地に区分地上権を設定する場合、まず抵当権等を一旦抹消し、区分地上権設定登記（先順位）を完了させてから、必要に応じて抵当権等を再設定するという手順が示されています。この手続きに要する費用は事業者側が補償するとされています。

このプロセスを知らないまま後順位で設定してしまうと、将来の競売リスクを抱えることになります。

先順位を確保することが条件です。

区分地上権の利害関係人・登記事項の横断整理表（司法書士試験合格サイト）

区分地上権の登記が入っている土地の相続税評価の計算例

区分地上権が設定された土地を相続した場合、相続税の申告においてその土地の評価額を下げることができます。具体的には「自用地としての価額」から「区分地上権の評価額」を控除して計算します（財産評価基本通達27-6）。

計算式は次の通りです。

区分地上権が設定されている土地の評価額 ＝ 自用地としての価額 ー 区分地上権の評価額

区分地上権の評価額 ＝ 自用地価額 × 区分地上権の割合

「区分地上権の割合」は、設定契約の内容に応じた土地利用制限率をもとに決まります。地下鉄等のずい道（トンネル）の所有を目的とする区分地上権については、相続税評価上30%として計算できると通達で定められています（財産評価基本通達27-4）。

具体的な計算例を見ます。路線価12万円/㎡の土地、Ａ土地（200㎡）とＢ土地（250㎡）が一体利用されており、Ａ土地に区分地上権（地下鉄トンネル目的）が設定されているケースです。

| 計算項目 | 金額 |
|---|---|
| 一体地の自用地評価額（12万円×450㎡） | 5,400万円 |
| Ａ土地単独の自用地評価額（12万円×200㎡） | 2,400万円 |
| 区分地上権の評価額（2,400万円×30%） | 720万円 |
| 区分地上権控除後の土地評価額（5,400万円ー720万円） | 4,680万円 |

この事例では、区分地上権を見落としたことで1,080万円の評価差が生じ、相続税額にして約320万円もの過払いが発生していました。東京・大阪などの都市部ではこうしたケースが珍しくないとされています。

見落としやすいのが、倍率地域にある土地です。倍率地域では、固定資産税評価額がすでに地下鉄トンネルによる利用価値の低下を考慮して評価されている場合があります。そのときは控除の計算方法が異なるため、市区町村の資産税課への確認が必須になります。

注意が必要な点です。

区分地上権の目的となっている宅地の評価（国税庁・質疑応答事例）

区分地上権に準ずる地役権との違いと登記の有無の確認方法

区分地上権によく似た権利として「区分地上権に準ずる地役権」があります。これは特別高圧架空電線（高圧線）の架設や高圧ガス導管の敷設を目的とした地役権で、財産評価基本通達では区分地上権と並べて評価方法が規定されています（財産評価基本通達27-5）。

2つの権利の違いは次の通りです。

| 比較項目 | 区分地上権 | 区分地上権に準ずる地役権 |
|---|---|---|
| 典型例 | 地下鉄トンネル・地下道路 | 高圧電線・高圧ガス管 |
| 登記 | 登記されていることが多い | 登記されていない場合もある |
| 確認方法 | 登記簿（乙区）で確認 | 現地で上空確認＋電力会社に問い合わせ |
| 相続税評価上の割合 | 30%（トンネル目的の場合） | 家屋建築全面禁止：50%　構造制限：30% |

高圧電線が上空を通る土地は、登記されていない場合があります。登記簿を確認しても何も記録がないため、見落としやすいのが実情です。現地調査で上空を確認し、鉄塔に掲示されている鉄塔番号を確認して電力会社に問い合わせることで、制限内容と離隔距離を調べることができます。

土地評価の観点から見ると、高圧線下地でも相続税評価額を大きく減らせる可能性があります。家屋の建築が全くできない場合は最大50%の控除が適用されます。都市部の土地では、この控除を適用するかしないかで数百万円規模の税額差が出ることもあります。

これは使える知識です。

高圧線・トンネルの土地評価と区分地上権の確認方法（土地SOS）

区分地上権が設定された土地の売買：重要事項説明と価格への影響

区分地上権が設定されている土地の売買は可能ですが、売主・買主ともに知っておくべき事項があります。

不動産業者は買主に対して重要事項説明を行う義務があります（宅地建物取引業法第35条）。区分地上権の内容・範囲・存続期間・利用制限の内容は重要事項として説明が必要です。説明がなかった場合は契約の取り消しや損害賠償の対象になる可能性があります。

価格への影響について整理します。区分地上権が設定されている土地は、土地利用に制限を受けるため更地より低い価格になるのが一般的です。ただし、制限が地下の深い部分（例：地下30メートルから100メートル）だけであれば、地上の利用はほぼ自由に行えます。

その場合、価格への影響は軽微になります。

一方、高圧線下で建物の建設が制限される土地（区分地上権に準ずる地役権）は、地上部分の利用が直接制限されるため、価格への影響が大きくなります。

売却を検討している場合、買主との価格交渉において「区分地上権設定による評価減」を適切に説明できるかどうかが重要です。不動産鑑定士に依頼して適正価格を把握してから交渉に臨むと、根拠のある説明ができます。

登記確認を怠ると、取引後に「区分地上権が登記されていることを知らずに購入した」というトラブルに発展するリスクがあります。購入前に必ず登記簿（全部事項証明書）の乙区を確認するのが基本です。

区分地上権の登記簿の読み方：乙区の具体的な確認手順

不動産投資や相続の場面で登記簿を確認する際、乙区の読み方を理解しておくことは基本的なリテラシーです。

乙区には次の情報が記録されています。

| 記録項目 | 内容 |
|---|---|
| 順位番号 | 登記の優先順位（数字が小さいほど先順位） |
| 登記の目的 | 「地上権設定」「抵当権設定」など |
| 受付年月日・受付番号 | 登記申請を受け付けた日付と番号 |
| 権利者その他の事項 | 原因・目的・範囲・存続期間・地代・権利者氏名など |

区分地上権が記録されている場合、「登記の目的」欄に「地上権設定」、「権利者その他の事項」欄に「目的 地下鉄道所有」「範囲 ○○平均海面下30メートルから100メートルの間」などと記載されています。

順位番号は非常に重要です。順位番号1番の抵当権より後に順位番号2番で区分地上権が登記されているケースでは、競売時に区分地上権は消滅します。「第2順位の登記ですので、先順位の抵当権がこの区分地上権より優先します」というのが登記実務の原則です（司法書士法人東西合同事務所の解説より）。

下線が引かれた登記記録は「抹消された登記」を意味します。

現在も有効な権利は下線のないものです。

乙区に区分地上権の記録がある場合でも、下線が引かれていれば既に抹消（消滅）した権利ですので、現在の土地利用には制限がありません。

登記簿はオンラインでも取得できます。登記・供託オンライン申請システム（登記ねっと）から全部事項証明書の請求が可能で、手数料は書面交付の場合600円（オンライン請求・書留郵送）または500円（オンライン請求・窓口受取）です。

区分地上権が設定された投資用不動産の独自視点：補償金の活用と地代収入の見方

区分地上権の設定に関する多くの記事では「土地の利用制限」というデメリット面が強調されます。しかし金融・投資の視点から見ると、見落とされがちな「収益機会」の面もあります。

これは意外と語られない視点です。

区分地上権設定の対価として土地所有者が受け取れるのは主に2種類あります。ひとつは一時金としての「補償金」（権利設定の対価）、もうひとつは継続的な「地代」です。

公共事業（地下鉄・高速道路・電力会社など）による区分地上権設定の場合、補償金は「公共用地の取得に伴う損失補償基準」に基づき算定されます。区分地上権の割合（最大30%）に相当する補償金を受け取ることができます。

たとえば路線価12万円/㎡の土地200㎡の地下に地下鉄トンネル用の区分地上権が設定される場合、補償金の目安は次のように計算できます。

補償金（概算） ＝ 2,400万円（自用地評価額） × 30% ＝ 720万円

受け取った補償金には税金がかかりますが、公共事業のために区分地上権を設定する場合は「5,000万円の特別控除」の特例（租税特別措置法第33条の4）が適用できるケースがあります。条件を満たせば実質的な税負担を大幅に抑えられます。

また、地代収入は不動産所得として申告が必要ですが、毎年安定的に入る収入源になります。地上部分の利用は引き続き可能なため、地代収入と地上部分の収益（駐車場・農地など）を組み合わせた土地活用も選択肢になります。この複合収益の視点は、土地を単純に売却するより長期的に有利になる場合があります。

相続対策という観点では、区分地上権が設定されている土地は相続税評価額が下がる（最大30%控除）ため、相続時の税負担が軽くなります。

節税メリットがあるということです。

更地の評価額に比べて7割の評価になれば、相続税の課税対象財産そのものを圧縮できます。

財産評価基本通達 第2節 宅地及び宅地の上に存する権利（27-4 区分地上権の評価）（国税庁）

区分地上権の登記手続きをスムーズに進めるための専門家の選び方

区分地上権に関わる手続きは、複数の専門家が連携して対応する領域です。どの専門家に何を依頼すべきかを把握しておくことが、時間とコストの無駄を防ぐことにつながります。

| 専門家 | 主な役割 | 相談すべき場面 |
|---|---|---|
| 司法書士 | 区分地上権の登記申請 | 設定登記・抹消登記・移転登記の手続き |
| 土地家屋調査士 | 分筆登記・土地の測量・境界確定 | 土地の一部に区分地上権を設定する場合の分筆 |
| 不動産鑑定士 | 区分地上権の評価・土地評価 | 補償金の適正額確認・相続税申告用評価 |
| 税理士 | 相続税・補償金の税務処理 | 相続税申告・補償金受取時の課税計算 |
| 弁護士 | 法的トラブルの対応・契約書確認 | 交渉が難航した場合・契約条件の法的チェック |

相続税の申告において区分地上権の控除計算が漏れていた場合、申告後5年以内であれば「更正の請求」によって払い過ぎた税金の還付を受けることができます。先述の事例では320万円の還付が実現しています。

まだ時間がある方は確認の価値があります。

司法書士への依頼費用は、土地の筆数や契約内容によって異なりますが、登録免許税（課税価格×1.0%）に加えて司法書士報酬として5万円〜10万円程度が目安です。複数の司法書士事務所に見積もりを取って比較することも有効です。

登記手続きそのものは法務局への申請という比較的シンプルな作業ですが、利害関係人の承諾書の取得や分筆登記の段取りなど、周辺手続きが複雑になるケースがあります。公共事業に絡む場合は事業者側の担当者が段取りを組んでくれることが多いですが、民間での設定の場合は当事者間で調整が必要です。

専門家のサポートが有効です。

タックスアンサー No.4613 貸宅地の評価（区分地上権の割合30%の取扱いを含む）（国税庁）

Please continue.