抵当権設定登記の費用は誰が払うか完全解説

抵当権設定登記の費用を誰が払うか、仕組みと節約術を解説

住宅ローンを組むたびに、銀行は司法書士費用を1円も払っていません。

抵当権設定登記とは何か、住宅ローンとの関係を解説

抵当権設定登記とは、住宅ローンを借りる際に不動産を担保とすることを法的に記録する手続きです。金融機関は、万一ローンの返済が滞った場合に不動産を競売にかけて債権を回収できるよう、この登記を必須条件としています。

つまり、抵当権を登記しなければ第三者に対して「この不動産は担保に入っている」と主張できないため、銀行側のリスクが生じます。登記が完了して初めて、法務局の登記簿に誰でも確認できる形で担保情報が記載されます。

住宅ローンを利用して不動産を購入する場合、所有権移転登記と抵当権設定登記はほぼ同時に行われるのが通常です。これが、住宅購入時にかかる「登記費用」がまとめて発生する理由でもあります。

また、住宅購入以外でも抵当権設定登記が必要な場面があります。たとえば、自宅を担保にしたリフォームローンや、事業用不動産を担保にした事業融資などです。これらのケースでは、住宅ローン向けの軽減措置が適用されないため、費用の計算方法が変わってきます。

抵当権設定登記の費用内訳、登録免許税と司法書士報酬の相場

費用の内訳は大きく2つです。

一つ目は登録免許税で、国に納める税金です。計算の基準は「債権額（＝ローンの借入額）」であり、通常の税率は0.4%です。3,000万円借りると12万円、5,000万円借りると20万円かかる計算になります。

二つ目は司法書士報酬で、登記手続きを代行してもらう専門家への報酬です。地域や物件の状況によって幅がありますが、日本司法書士会連合会のアンケート（2018年）によると、全国平均は以下のとおりです。

| 地区 | 全体の平均 |
|------|-----------|
| 関東 | 約7万5千円 |
| 近畿 | 約7万7千円 |
| 中部 | 約6万9千円 |
| 九州 | 約6万5千円 |
| 北海道 | 約6万6千円 |

加えて、印鑑登録証明書や登記事項証明書などの書類取得費用として1,000〜2,000円程度が別途かかります。合計すると、典型的な住宅ローンのケースでは登記関連費用だけで10万〜20万円以上になることも珍しくありません。

費用の全体像を把握しておくことが大切です。

抵当権設定登記の費用は誰が払う、買主負担が慣習になった背景

法律上は、登記によって利益を得る者が費用を負担するのが原則です。そのため所有権移転登記の費用は、所有権を取得する「買主」が負担するとされています。抵当権設定登記についても同じ考え方が適用され、買主（＝ローン契約者）が全額負担するのが慣習となっています。

しかし、実は法律的な根拠に基づいて考えると、少々腑に落ちない部分があります。なぜなら、抵当権設定登記で「登記名義を取得する」のは銀行（抵当権者）だからです。本来の原則に沿えば、銀行も費用を一部負担すべきとも解釈できます。

実際、売買における所有権移転登記では、「名義を渡す売主」と「名義を受け取る買主」が双方に委任状を書き、費用も双方で分担するのが大原則です。ところが抵当権設定登記に関しては、銀行は司法書士費用を1円も支払わず、すべてが買主負担というのが業界全体の慣行となっています。

この背景には、司法書士が銀行から継続的に仕事をもらうという利害関係があり、銀行側に費用を請求しにくい構造があるとも指摘されています。結果として、買主は「申し出た方が費用を払う」という理屈で全額負担を求められているのが現状です。

費用負担の合理性に疑問を持つ方も多いですが、契約書に記載された内容が最終的な取り決めとなるため、重要事項説明書と売買契約書の該当箇所を必ず確認する必要があります。

参考リンク（費用負担のルールについて詳しく解説）：

登記費用は誰が払う？不動産売買で司法書士にかかる費用と負担のガイド｜GrandGood

抵当権設定登記の登録免許税の計算方法と具体的な金額例

登録免許税の計算式はシンプルです。

登録免許税 ＝ 債権額（借入額）× 税率

通常税率は0.4%（1,000分の4）です。住宅ローンを利用する場合で軽減措置が適用されると、0.1%（1,000分の1）になります。

具体的な金額で見てみましょう。

| 借入額 | 通常0.4% | 軽減後0.1% | 差額（節税額） |
|--------|----------|------------|---------------|
| 2,000万円 | 8万円 | 2万円 | 6万円 |
| 3,000万円 | 12万円 | 3万円 | 9万円 |
| 5,000万円 | 20万円 | 5万円 | 15万円 |
| 8,000万円 | 32万円 | 8万円 | 24万円 |

8,000万円の借入では軽減だけで24万円の差が生じます。これは、旅行や家電購入1〜2回分に相当する大きな額です。

計算時の注意点として、登録免許税の端数は100円未満を切り捨てます。たとえば3,500万円の0.1%は3.5万円ですが、実際には35,000円（端数なし）で問題ありません。なお、計算の基準となる金額は「固定資産税評価額」ではなく「債権額（借入額そのもの）」である点を覚えておきましょう。所有権移転登記では固定資産税評価額が基準となるため、混同しやすいポイントです。

軽減措置の要件と2027年3月末の期限に注意すべき理由

住宅ローンの抵当権設定登記に使える軽減措置（税率0.1%）には、いくつかの適用条件があります。条件を一つでも外すと通常税率（0.4%）が適用されるため、要注意です。

主な適用条件は次のとおりです。

- 🏠 自己居住用住宅のための借入であること（投資目的・法人名義は不可）
- 📐 床面積50㎡以上であること（区分所有の場合は専有面積で判断）
- 👤 個人名義であること
- 📅 取得日から1年以内に登記申請を行うこと
- 📆 2027年（令和9年）3月31日までに登記申請すること

特に見落としがちなのが「登記申請日が基準」という点です。物件の購入日や融資実行日ではなく、あくまでも法務局に登記を申請した日で判断されます。年度末の3月末は登記申請が集中するため、タイミングを逃すリスクが高まります。

また、軽減措置を受けるには「住宅用家屋証明書」を市区町村役場から取得し、登記申請時に添付する必要があります。取得費用は数百円〜1,000円程度ですが、書類を揃えて申請するまでに時間がかかる場合があります。司法書士に依頼する場合でも、この証明書が必要であることを事前に確認しておきましょう。

軽減措置が使える期限は条件に注意すれば大丈夫です。

参考リンク（軽減措置の要件と計算を詳しく解説）：

抵当権設定の登録免許税とは？支払う時期・計算方法もやさしく解説｜連合隊

抵当権設定登記の司法書士費用、銀行指定と自由選択の違いと実態

抵当権設定登記の手続きは、ほとんどの場合、金融機関が指定した司法書士が行います。自分で司法書士を選べないことも多いのが実態です。

銀行側がこうした運用をする理由は、登記ミスや書類不備が生じた場合の実害が銀行に直接及ぶからです。抵当権設定登記が遅延したり、記載誤りが発生したりすると、担保権が有効に成立しない期間が生まれ、銀行のリスクになります。そのため、信頼関係のある司法書士に一任することが融資条件となっているケースが多くあります。

問題になっているのが、指定司法書士の報酬水準です。一部のネット銀行では、指定司法書士への報酬が市場相場の2倍程度になると指摘されているケースがあります。実際に、指定司法書士を変えることで報酬を「半額以下」に抑えられたという事例も報告されています。ただし、変更できるかどうかは銀行ごとに対応が異なるため、必ず事前に金融機関へ確認しましょう。

一方、ネット銀行以外の対面型金融機関では、「所有権移転登記は自由に選べるが、抵当権設定登記は銀行指定」というケースも多く見られます。費用交渉や複数見積もりが難しい場面では、せめて登録免許税の軽減措置を確実に適用することが現実的な節約手段となります。

抵当権設定登記の費用を自分で申請して節約できるか、本人申請の現実

法律上、本人申請（自分で登記申請すること）は可能です。司法書士報酬は発生しないため、3〜13万円の節約になります。一見お得に見えますが、現実には大きなハードルがあります。

最大の問題は、金融機関が本人申請を認めないケースがほとんどという点です。銀行は「登記ミスによるリスクを回避するため」として、指定司法書士以外による申請を融資条件で禁じていることが一般的です。そのため、住宅ローンを利用して不動産を購入する場合、実質的に本人申請は選択できません。

一方で、すでに所有している不動産を担保にした個人向けローン（事業資金など）の場合は、本人申請が認められるケースもあります。ただし、この場合でも以下のような注意点があります。

- ⚠️ 登記の順位（1番抵当権、2番抵当権など）の誤りは契約トラブルに直結する
- ⚠️ 書類の記載ミスや不備は、登記完了の遅延を招く
- ⚠️ 遅延している間に不動産の権利状況が変わると担保効力が薄れる

本人申請を目指す場合でも、少なくとも司法書士への相談を経てから判断することをお勧めします。

リスクを把握した上で進めることが条件です。

日本政策金融公庫を使うと抵当権設定の登録免許税が全額免除になる理由

事業用融資での抵当権設定では、住宅ローン向けの税率軽減措置が使えず、通常の0.4%がかかります。しかしここで見落とされがちな節税手段があります。

日本政策金融公庫が根抵当権者となる場合、登録免許税が全額免除されます。これは登録免許税法に明記されている特例で、一般にはあまり知られていません。

根抵当権とは、一定の極度額を設定して繰り返し借入・返済ができる担保権です。中小企業や個人事業主が運転資金として活用するシーンで多く使われます。たとえば極度額3,000万円で根抵当権設定登記を行った場合、通常なら12万円の登録免許税がかかりますが、日本政策金融公庫（国民生活事業・中小企業事業など）の融資であれば、この12万円がまるごと0円になります。

これは事業融資を検討している方にとって大きなメリットです。

ただし、民間銀行の事業融資にはこの免除規定は適用されません。日本政策金融公庫の融資制度と条件を比較検討する際には、この登録免許税の差額も含めて試算することが重要です。融資条件だけでなく、周辺費用まで含めて選択することが賢い判断につながります。

参考リンク（費用の節約方法を詳しく解説）：

抵当権設定登記の手続でかかる費用や節約方法をわかりやすく解説｜さくら事務所

抵当権設定登記と所有権移転登記の費用、同時にかかる費用を整理

住宅購入時には、抵当権設定登記だけでなく、所有権移転登記（または新築なら所有権保存登記）も同時に発生します。それぞれの費用の計算基準が違うため、混同しやすいポイントです。

| 登記の種類 | 課税標準 | 通常税率 | 軽減税率 |
|-----------|---------|---------|---------|
| 所有権保存登記（新築） | 固定資産税評価額 | 0.4% | 0.15% |
| 所有権移転登記（中古・売買） | 固定資産税評価額 | 2.0% | 0.3% |
| 抵当権設定登記 | 債権額（借入額） | 0.4% | 0.1% |

つまり所有権移転登記の計算基準は「固定資産税評価額」ですが、抵当権設定登記は「借入額」です。この違いを知らないと、登録免許税の見積もりを自分で計算する際にミスが起きます。

たとえば、市場価格5,000万円の中古住宅を購入し、固定資産税評価額が3,500万円、借入額が4,000万円だった場合を考えてみましょう。

- 所有権移転登記（軽減0.3%）：3,500万円×0.3%＝10.5万円
- 抵当権設定登記（軽減0.1%）：4,000万円×0.1%＝4万円
- 合計登録免許税の概算：約14.5万円

これに司法書士報酬（10〜15万円程度）を加えると、登記関連費用だけで25〜30万円前後になるケースも十分ありえます。資金計画を立てる際は、購入代金とは別にこのような諸費用枠を確保することが重要です。

抵当権設定登記が終わった後にすべき住宅ローン控除の手続きを見落とすと損

抵当権設定登記が完了した後に、もう一つ重要な手続きがあります。それが「住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）」の申請です。これを申請し忘れると、数年分の税金還付を受け損ねます。

住宅ローン控除とは、年末のローン残高の0.7%を所得税・住民税から最長13年間控除できる制度です。3,000万円の残高があれば年間21万円もの節税効果があり、13年間で最大約273万円になります。

初年度は必ず確定申告が必要です。会社員であっても、初めての年だけは自分で申告する必要があります。

2年目以降は会社の年末調整で処理できます。

申告に必要な主な書類は、住宅ローンの残高証明書（金融機関から送付）、登記事項証明書、売買契約書の写しなどです。これらの書類は住宅ローン開始後に順次手元に揃います。確定申告の期限は翌年の2月16日〜3月15日ですが、還付申告であれば1月から申請可能です。

控除が条件です。申請さえすれば確実に恩恵を受けられる制度なので、登記手続きのついでに必要書類の管理を始めておきましょう。

抵当権設定登記の費用に関するよくある疑問、借り換え・複数物件の注意点

住宅ローンの借り換えをする場合、新たに抵当権設定登記が必要になります。

これは意外と見落とされやすいポイントです。

借り換えは「金利を下げる」目的で行われますが、新しい金融機関のためにまた登記費用が発生します。

- まず旧ローンの「抵当権抹消登記」が必要（費用：登録免許税1,000円/物件+司法書士報酬1〜3万円程度）
- 次に新ローンの「抵当権設定登記」が必要（費用：借入額×0.4% または 0.1%+司法書士報酬）

借り換えで金利を0.5%下げたとしても、登記費用として5〜20万円かかる場合があります。金利差による節約効果と登記費用を比較して、本当に借り換えがお得かを計算することが大切です。

また、複数の不動産に抵当権を設定する「共同担保」の場合は、物件ごとに登録免許税が発生します。たとえば土地と建物が別々の登記物件扱いになっていると、それぞれに課税される点にも注意が必要です。

さらに、借り換えが2027年3月31日以降になると、軽減措置が使えない可能性があります。現在の軽減措置の期限をふまえて借り換えのタイミングを検討することも、長期的な費用最小化につながります。

抵当権設定登記の費用を把握して住宅購入の資金計画を見直す独自視点

住宅購入の際、多くの方が「物件価格＋頭金」の計算に意識が集中しがちです。しかし実際には、登記費用・仲介手数料・火災保険・固定資産税清算金などの「諸費用」が物件価格の約3〜7%かかります。5,000万円の物件なら150〜350万円に相当し、現金で用意する必要があります。

このうち抵当権設定登記費用は、「登録免許税＋司法書士報酬」で合計10〜25万円程度を占めます。見えにくいコストだからこそ、事前に把握しておくことが資金計画の精度を高めます。

たとえば、以下の試算は5,000万円の中古住宅を4,500万円で借入する想定です。

| 費用項目 | 概算金額 |
|---------|---------|
| 仲介手数料（3%+6万円+消費税） | 約172万円 |
| 所有権移転登記（評価額3,000万×0.3%） | 約9万円 |
| 抵当権設定登記（0.1%） | 約4.5万円 |
| 司法書士報酬（移転+設定） | 約10〜15万円 |
| 火災保険（10年） | 約30〜50万円 |
| 固定資産税精算 | 数万円 |
| 合計概算 | 約230〜260万円 |

登記費用だけを見ると「たった数万円」に感じますが、諸費用全体の中で正確に把握しておかないと、資金不足になるリスクがあります。住宅ローンの事前審査を通過した後、必ず「物件価格以外にいくら必要か」を司法書士や不動産会社に確認する習慣をつけましょう。

登記費用は想定外の出費になりがちです。

参考リンク（登録免許税の計算方法・軽減措置を国土交通省が解説）：

住宅に関係する登録免許税の特例措置｜国土交通省