最終仕入原価法廃止で中小企業の税負担が変わる理由

最終仕入原価法の廃止と棚卸資産評価の真実

届出を一枚も出さずにいると、あなたの会社は自動的に「最終仕入原価法」が選ばれ、物価上昇期には利益が数百万円単位で水増しされて課税される仕組みになっています。

最終仕入原価法の廃止議論が起きている根本的な理由

最終仕入原価法とは、事業年度の最後に仕入れた価格（最終仕入単価）を使って、期末に残っているすべての棚卸資産を一括で評価する方法です。計算の手間が少なく、期末在庫の数量さえ把握できれば評価額を算出できるため、中小企業の現場では長年にわたって広く使われてきました。

問題の核心は、この方法が「法人税法では認められているが、企業会計基準では正式な評価方法として認定されていない」という二重構造にあります。つまり、税務署への申告では問題ないものの、株主や銀行・投資家向けに開示する財務諸表には使えません。

企業会計基準の設定主体である企業会計基準委員会（ASBJ）は、2008年に「棚卸資産の評価に関する会計基準」を整備した際、最終仕入原価法を会計上の評価方法から明確に除外しました。その理由は、期末棚卸資産の一部だけが実際の取得原価で評価され、残りの部分は時価に近い価額で評価される「混在状態」が生まれることで、財務諸表の信頼性を損なうと判断されたためです。

結論は明快です。

上場企業はもちろん、将来的に上場や外部資金調達を考えている中小企業にとっても、最終仕入原価法のままでいることはリスク要因になりうる状況になっています。なぜ廃止論が絶えないのか、次のセクションから順を追って整理していきましょう。

企業会計基準委員会（ASBJ）による「棚卸資産の評価に関する会計基準」の本文・公表資料はこちら

最終仕入原価法と法人税法の法定評価方法という位置づけ

法人税法では、棚卸資産の評価方法について法令第28条において具体的な方法を列挙しています。個別法、先入先出法、総平均法、移動平均法、最終仕入原価法、売価還元法の6つが原価法として定められており、そのうち最終仕入原価法が「法定評価方法」として設定されています。

これが実務に与える影響は大きいものです。

会社設立後に「棚卸資産の評価方法の届出書」を所轄の税務署に提出しなかった場合、自動的に最終仕入原価法が適用されます。要するに、何もしなければ全社が最終仕入原価法採用になるという構造です。実際、多くの中小企業がこの状況に気づかないまま、設立から何年も最終仕入原価法を使い続けています。

法定評価方法である以上、申告自体は有効ですし、税務上の問題も生じません。ただし「届出を出していない＝意識的に選んだ方法」ではなく、「デフォルトの方法が自動適用されている」にすぎない点を、経営者・経理担当者は正確に認識する必要があります。

変更したい場合は、事業年度開始日の前日までに「棚卸資産の評価方法の変更承認申請書」を税務署に提出しなければならず、かつ変更後は原則3年間は同じ方法を継続しなければなりません。

変更には期限と継続義務が条件です。

国税庁「棚卸資産の評価方法の届出」手続き詳細はこちら

最終仕入原価法が廃止された歴史的経緯と後入先出法との違い

棚卸資産の評価方法をめぐっては、過去に大きな「廃止」がすでに起きています。それが「後入先出法（LIFO法）」の廃止です。後入先出法は「後から仕入れたものを先に払い出したと仮定する」方法で、国際会計基準（IFRS）では認められていなかったことから、日本でも平成22年（2010年）4月以降に開始する事業年度から会計上・税務上の両面で廃止されました。

後入先出法の廃止は、最終仕入原価法の行方を考える上でも非常に示唆的です。

後入先出法が廃止された理由のひとつに「時価と期末棚卸資産の評価額が大きくかけ離れる可能性がある」という点がありましたが、この問題は最終仕入原価法にも同様に存在します。とくに物価が安定していない局面では、期末に少量の高値仕入れが行われるだけで、在庫全体の評価額が大きく跳ね上がるという現象が起きます。

後入先出法の廃止と、現在の最終仕入原価法に対する会計基準での非認定という流れは、いずれもIFRSとの整合性を重視する国際的な潮流の一環です。IFRSは現在、移動平均法または先入先出法の2択を基本としており、最終仕入原価法は「国際的に特異な処理」と位置づけられています。

後入先出法の廃止は前例として重要です。

野村證券「後入先出法」用語解説ページ（廃止経緯の概要を確認できます）

最終仕入原価法の廃止が中小企業に与える税負担への影響

最終仕入原価法が廃止された場合、あるいは将来的に法人税法上からも削除される方向になった場合、中小企業が受ける影響は税負担に直結します。

現在のインフレ環境下では、最終仕入原価法を使うと「見かけ上の利益」が増える構造になっています。たとえば期末に仕入単価が1,000円から1,500円に上昇した商品を2,001個保有していた場合、最終仕入原価法では評価額が単純計算で約100万円以上も増加します。この増加した評価額が「売上原価の減少」につながり、損益計算書の利益が押し上げられるのです。

利益が増えると課税所得が増える、というシンプルな連鎖です。

物価が安定していた時代は問題になりにくかったのですが、近年の物価上昇局面では実態の資金繰りとは乖離した「帳簿上の黒字」が発生しやすくなっています。銀行員が融資審査でこの乖離を目にした際、「本当に儲かっているのか」と疑念を持つケースが多いことも実務家の間では知られています。

最終仕入原価法のままでいると、インフレ期には税負担が増えるリスクがあります。

仕入価格が10〜20%上昇した商品を大量に在庫として持つ卸売業や製造業では、法人税の実質負担が数十万〜数百万円単位で増加する可能性があります。こうした企業にとっては、先入先出法や移動平均法への切り替えを検討する実務的な価値は大きいといえるでしょう。

最終仕入原価法の廃止後に選ぶべき棚卸資産の評価方法の比較

最終仕入原価法に代わる選択肢として、企業会計基準が認める評価方法は主に以下の5つです。これらの方法を正確に把握することが、実務上の切り替えに向けた第一歩になります。

評価方法	概要	向いている業種・特徴
先入先出法	古い在庫から順に払い出したと仮定して評価	食品・日用品など在庫の流れが明確な業種。時価に近い評価になりやすい
移動平均法	仕入れのたびに在庫全体の平均単価を更新する	頻繁に仕入れる小売業・電子部品など。期中に常にコストを把握できる
総平均法	期首在庫と当期仕入の合計を全数量で割って平均単価を計算	期中の細かい計算が不要で、移動平均法より事務負担が軽い
個別法	商品ごとに実際の仕入単価を記録して評価	不動産・宝石・高額美術品など個別性の高い商品に最適
売価還元法	売価合計に原価率を掛けて評価額を算出	多種多様な商品を扱う小売業・スーパーなどに適している

この中で企業会計基準上も、そしてIFRSの観点でも最もシンプルかつ信頼性が高いとされるのが先入先出法です。

先入先出法では「古い在庫から売れた」と仮定するため、期末に残る在庫は直近の価格に近い形で評価されます。これはインフレ局面では最終仕入原価法と似た計算結果になるケースもありますが、在庫の流れに即した論理的な方法であるため、外部の利害関係者からの信頼性が大きく異なります。

評価方法の選択は3年継続が条件です。

最終仕入原価法を廃止せずに使い続けるリスクと銀行評価の落とし穴

最終仕入原価法を長期間使い続けた場合、銀行融資の審査において想定外の評価を受けるリスクがあります。これは多くの中小企業経営者が見落としがちな点です。

銀行員が融資審査で注目するのは「損益計算書の黒字かどうか」ではなく、「その利益が実際にキャッシュを生んでいるかどうか」です。材料費が高騰している局面で最終仕入原価法を採用している企業の決算書を見ると、売上原価率が下がって利益が増えているように見える一方、資金繰りは逆に厳しくなっているという矛盾が生まれることがあります。

こうした決算書を持参して融資相談をすると、銀行は数期分の原価率の推移を比較したり、キャッシュフロー計算書との整合性を確認したりすることで「在庫評価が生み出した見かけの利益」と判断するケースがあります。

痛いですね。

対策として有効なのは、決算書の個別注記表や銀行との面談時に「最終仕入原価法を採用しているため、物価上昇局面では評価額が実態より高くなることがある」と説明資料を添えることです。実態の資金繰りを正直に開示できる経営者こそ、銀行からの信頼を得やすい、というのが実務家の共通認識です。

在庫管理システムの導入も一つの選択肢です。月次での在庫金額把握が可能になれば、銀行提出用と税務申告用の決算書の精度が上がります。たとえばクラウド型の在庫管理ソフトを活用すれば、商品ごとの入出庫を記録し、移動平均法による月次原価管理も実現できます。

最終仕入原価法が生む「見かけの利益」と銀行審査の関係について詳しく解説されています（日本経営合理化協会）

最終仕入原価法の廃止に向けた手続き：変更承認申請書の出し方

すでに最終仕入原価法を採用している会社が別の評価方法に切り替えるには、「棚卸資産の評価方法の変更承認申請書」を所轄の税務署に提出する必要があります。手続きとして重要なのは、提出期限と継続義務の2点です。

提出期限は「変更しようとする事業年度の開始日の前日まで」です。たとえば4月始まりの会社が2026年4月からの事業年度で移動平均法に変更したい場合、2026年3月31日までに申請書を提出する必要があります。

期限を過ぎると変更は認められません。

変更後は原則として3年間は新しい評価方法を継続しなければなりません。これは法人税基本通達で定められた「相当期間」の要件で、3年未満での再変更申請は通常、税務署から却下される運用です。

また、変更が認められるためには「正当な理由」があることが前提です。たとえば「在庫管理システムを新たに導入して移動平均法での管理が可能になった」「上場準備のため企業会計基準への準拠が必要になった」などが正当な理由として認められやすいケースです。

手続き	期限	注意事項
初めて届出を出す場合（最終仕入原価法以外への変更）	設立後最初の確定申告期限まで	期限を超えると自動的に最終仕入原価法が適用される
既存の評価方法から変更する場合	変更したい事業年度の開始日の前日まで	変更後は3年間継続が原則。正当な理由が必要

変更承認申請書の書式は国税庁ウェブサイトから入手できます。記載項目は会社情報、現行の評価方法、変更後の評価方法、変更理由などです。税理士に依頼すれば書類作成から提出まで一括で対応してもらえます。

国税庁「棚卸資産の評価方法の届出」手続き詳細ページ（書式もこちらからダウンロード可能）

最終仕入原価法の廃止に際して中小企業が特に注意すべき業種別リスク

最終仕入原価法のリスクは、業種によって大きく異なります。すべての中小企業に同じリスクがあるわけではないため、自社の業態に照らして必要な対応を判断することが重要です。

仕入価格の変動が大きい卸売業や製造業は注意が必要です。

工業用材料・金属・食材などを扱う事業者は、仕入価格が短期間で10〜30%変動するケースが珍しくありません。このような業種では、期末の最終仕入単価が直近の価格急騰を反映して高騰しているため、最終仕入原価法を使うと在庫評価額が実際の仕入コストの平均から大きく乖離します。

一方、仕入価格が年間を通じて安定している書籍・規格部品・日用品などを扱う事業者では、最終仕入原価法によるブレが小さく、実務上の支障が少ない傾向があります。

また、小売業は売価還元法が適している代表的な業種です。扱う商品数が数千〜数万点にのぼるスーパーマーケットやドラッグストアのような事業形態では、個々の商品ごとに仕入単価を追うことが現実的ではなく、グループ単位で原価率を適用する売価還元法のほうが実態に即しています。

飲食業は材料費の変動が利益に直結するため、月次での在庫管理精度が特に重要です。

なお、製造業では最終仕入原価法は「原材料」の評価には適用できても、製品や仕掛品の評価には総合原価計算が用いられるため、評価方法の選択が複層的になります。原材料だけを最終仕入原価法で評価し、製品は別の方法で評価するという二重管理が生じることもあります。これは実務上、経理処理の煩雑さにつながる点として覚えておく価値があります。

最終仕入原価法の廃止議論とIFRS・国際会計基準との関係

最終仕入原価法を会計基準上から廃止すべきとの議論が続く背景には、国際財務報告基準（IFRS）との整合性という大きな潮流があります。

IFRSでは、棚卸資産の評価方法として認められているのは「先入先出法（FIFO）」と「加重平均法（WAC）」の2つだけです。最終仕入原価法はIFRSの枠組みには存在しておらず、後入先出法と同様に「国際的に特異な処理」と位置づけられています。

日本では2000年代以降、IFRS導入の議論が繰り返されてきました。上場企業を中心にIFRSを任意適用する企業が増えており、2024年時点でIFRS任意適用・適用決定済みの上場企業は300社を超えています。これらの企業では最終仕入原価法を使うことは当然できません。

IFRSへの対応は大企業の話では終わりません。

上場親会社を持つグループ企業の子会社や、将来的に上場を目指す成長企業にとっても、会計方針のIFRS準拠は早い段階から意識する必要があります。グループ連結会計でIFRSを採用している場合、子会社が最終仕入原価法を使い続けていると、連結決算の修正作業が発生します。

国税庁の論文でも指摘されているとおり、法人税法における最終仕入原価法の維持と、国際会計基準との乖離は「調整が必要な課題」として認識されています。今すぐ法人税法から削除されるとは言えませんが、長期的な視野で見れば最終仕入原価法に依存しないシステムへの移行を検討することは、企業にとってリスクヘッジになります。

国税庁「棚卸資産の評価に関する会計基準と法人税法の調整の方向性」論文（IFRSとの整合性について詳しく論じています）

最終仕入原価法の廃止後を見据えた実務上の準備と在庫管理システムの活用

最終仕入原価法から他の評価方法へ移行するうえで、最大のハードルは「在庫の受払記録を継続的に付けること」です。最終仕入原価法は、期末に在庫数量と最後の仕入単価さえわかれば評価できるため、在庫ごとの入出庫を日々記録する必要がありません。これが最大のメリットであり、同時に移行が難しいと感じる原因でもあります。

先入先出法や移動平均法を採用するためには、商品ごとの入庫日・入庫単価・出庫数を記録するシステムが必要です。

中小企業向けのクラウド在庫管理ソフトは現在、月額数千円〜数万円のプランで導入できるものが増えています。たとえば在庫管理と会計ソフトが連携しているシステムを使えば、仕入れのたびに自動的に平均単価が更新され、移動平均法による期末評価額も自動計算されます。これにより経理担当者の作業負担を大幅に減らしながら、企業会計基準に準拠した評価方法に移行することが可能です。

最初のステップは棚卸管理ソフトの導入です。

移行の手順を整理すると、まず①現在の評価方法と在庫管理状況を棚卸・確認、次に②顧問税理士と相談して変更後の評価方法を選定、③変更承認申請書を期限内に税務署に提出、④新しい在庫管理システムを事業年度開始に合わせて稼働、という流れになります。

評価方法の変更後は3年間継続が原則のため、タイミングを見誤らないよう決算3〜6か月前から準備を始めることをお勧めします。

最終仕入原価法が廃止された場合の財務諸表への具体的な影響シミュレーション

最終仕入原価法から先入先出法に切り替えた場合、財務諸表の数字がどう変わるかをシミュレーションで確認しておきましょう。

【前提条件】

• 商品Aを年間4回仕入れ：100円×100個（4月）、110円×100個（7月）、120円×100個（10月）、130円×30個（12月）
• 期末（12月末）在庫：60個残っている
• 売上：合計270個分

評価方法	期末在庫評価額	売上原価	特徴
最終仕入原価法	130円×60個＝7,800円	総仕入額－7,800円	最後の高値仕入130円で全在庫を評価→利益が大きく見える
先入先出法	30個×130円＋30個×120円＝7,500円	総仕入額－7,500円	古い在庫から順に払い出し→在庫評価は実態に近い
移動平均法	仕入ごとの加重平均単価×60個≒6,840円（概算）	総仕入額－6,840円	平均単価で評価→利益が最も安定・実態に近い

この例では、最終仕入原価法と移動平均法の在庫評価額の差は約960円です。数字だけ見ると小さく見えますが、在庫数量が数万個規模になると評価差額は数百万円単位になります。

この差は課税所得の差に直結します。

仮に在庫評価額が200万円多く計上されると、売上原価が200万円少なくなり、利益が200万円多く計上されます。法人税率を30%と仮定すれば、60万円の追加税負担が発生する計算です。インフレ環境の下では、この問題が毎期繰り返されます。

最終仕入原価法の廃止を見据えて今すぐ取り組むべき独自視点の経営管理術

ここでは、検索上位ではあまり語られていない独自の視点を紹介します。それは「評価方法の変更を、経営管理の高度化チャンスとして活かす」という発想です。

多くの経営者は評価方法の変更を「手間がかかる負担」と捉えます。たしかに在庫管理システムの導入や経理フローの見直しは短期的にはコストがかかります。しかし移動平均法や先入先出法に移行したことで「月次での正確な利益把握」が可能になると、経営の質が大きく変わります。

月次の粗利が見えると、経営判断のスピードが上がります。

最終仕入原価法のまま期中在庫を管理していない状態では、月次の損益計算書に計上される売上原価は「その月に仕入れた金額」になります。これは実際に売れた商品の原価ではないため、月々の粗利（売上総利益）を見ても業績の実態が見えません。大量仕入れをした月だけ赤字に見え、在庫を吐き出した月だけ黒字に見えるという数字のノイズが生まれます。

在庫受払の継続記録を付けることで、月次の売上原価を「実際に売った分のコスト」として計算できるようになります。すると月次の粗利が経営実態を反映した数字になり、値付けの見直しや仕入先との価格交渉のタイミングを正確に判断できるようになります。

最終仕入原価法の廃止対応は、経営数字の「精度向上」への投資とも言い換えられます。

物価が上昇し続ける環境の中で、正確なコスト管理ができていない会社は価格転嫁の判断が遅れ、気づいたときには利益率が大幅に低下しているというケースが増えています。棚卸資産の評価方法をアップデートすることは、そのリスクに先手を打つ経営判断です。まずは顧問税理士に「評価方法の見直しを検討したい」と相談する一言から始めてみましょう。

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